Answers to: 変異解析結果をアミノ酸変異として捕らえる簡便な方法

Comment by ma_ko on ma_ko's 回答

ma_ko — Thu, 23 Dec 2010 17:52:55 +0900

ずっと移 (略) が、手元で動作させたところ、ダイレクトに pileup format をインプットにして動作しました。

snpEff_core_v1_8.zip
snpEff_v1_8_hg37.zip
をダウンロードして、解凍・セットした後に
java -Xmx1250m -jar snpEff.jar -p hg37 hoge.pileup
で Ensembl variant effect predictor のような出力を得られます。

Answer by ma_ko

ma_ko — Sun, 19 Dec 2010 23:42:27 +0900

ちょっと本題とはズレますが、しばらくスレッドを残してもらえるということなので追記です。
ずっと移動中(略)ですが、変異探索後のランク付けで良く使われているのは以下の2つですね。
僕自身、本格的に使ってないのでメモ代わりですが…。
SIFT Home http://sift.jcvi.org/
polyphen http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/bgi.shtml

同様の質問が BioStar にもあったので参考までにリンクも残しておきます。
How to check if the IUPAC SNP code changes translation ? - BioStar

こっちも似てるけど、上のが良いような。
Algorithms predicting effects of SNPs / AA substitution on protein - BioStar

こちらは本論ではないですが、お役立ちかな。
Visualize effect of SNP variant on protein structure - BioStar

自力でやる時、UCSC の knownGene と knownGenePep を join してやるとアミノ酸配列も取れるので少し楽になるかもですね。
Amino Acid Position in UCSC browser - BioStar

Answer by kiake77

kiake77 — Sun, 12 Dec 2010 21:43:20 +0900

hacchyさん, mn3 ♦♦さん, ma_ko ♦♦さん回答ありがとうございました。
これらの方法で、データの解釈には光明が見えてきました。
実際に使ってみて利点、弱点など比較できたら、
せめてもの情報提供という形で書き込みたいと思います。
当面の「私」の問題は片付きましたが、これだけ有益な情報が集まると、
閉じるのはまだもったいないかなと思いまして、
しばらくスレッドは開いたままにさせてください。

Comment by ma_ko on ma_ko's 回答

ma_ko — Sun, 12 Dec 2010 20:43:03 +0900

ずっと移動 (略) ですが、API script を手元で動作させたところ、ダイレクトに pileup format をインプットして動作しました。

ftp://ftp.ensembl.org/pub/misc-scripts/Variant_effect_predictor_1.0/

Comment by mn3 on kiake77's 質問

mn3 — Sun, 12 Dec 2010 18:53:11 +0900

REST で chrom:position+AA とするのは興味ぶかいインターフェイスですね。TogoWSのほうで検討してみたいと思います。

Comment by ma_ko on ma_ko's 回答

ma_ko — Sun, 12 Dec 2010 12:33:10 +0900

ちなみに API 叩くスクリプト版では pileup format をインプットとして扱えるっぽいです。

Answer by ma_ko

ma_ko — Sat, 11 Dec 2010 19:55:02 +0900

ずっと移動中で (略) ですが、UCSC の RNA editing track は、以下の文献を見る限り、

The UCSC Genome Browser database: update 2011 — Nucleic Acids Res
http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2010/10/18/nar.gkq963.full

DARNED というデータベースが元になっているようです。
DARNED http://darned.ucc.ie/ http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2010/06/14/bioinformatics.btq285.abstract

僕自身、知らなかったことなので勉強になりました。ありがとうです > TbDGC さん
hacchy さん、フォローありがとう!

Answer by ma_ko

ma_ko — Sat, 11 Dec 2010 19:46:32 +0900

ずっと移動中できちんと問題を把握してるか自信ないんですが、Intergrated with Galaxy (コマンドラインでも動く、 Java 製)な

snpEff: SNP effect predictor http://snpeff.sourceforge.net/

というのもあります (ちょっと最近のバージョンは未検証…)。

これ元々、上で取り上げた Ensembl の SNP Effect Predictor (今は Varinat Effect Predictor と名称が変わっていました) に触発されて開発されたものなので、こちらも良いかもしれません。Sourceforge を見る限りでは、pileup format の入力にも対応したようです。

Answer by hacchy

hacchy — Sat, 11 Dec 2010 14:38:00 +0900

SNP Effect Predictor 初めて使ってみました、これは便利ですね！ Web アプリケーションと API script があるのですね。 Web アプリケーションだけ使ってみました：

こんな感じで，SNP 情報を入力。

すると，こんな感じで SNP の影響を教えてくれる。

あとはリンクを辿って調べてゆくと，NOC2L という遺伝子へのフレームシフト変異であることが分かる。

これは使えますね、情報ありがとうございました。　> ma_ko さん

今度 API script の方も使ってみようと思いますー

Answer by ma_ko

ma_ko — Sat, 11 Dec 2010 14:10:29 +0900

ずっと移動中できちんと問題を把握してるか自信ないんですが Ensembl のSNP Effect Predictor はどうでしょうか？ http://www.ensembl.org/tools.html

Answer by hacchy

hacchy — Fri, 10 Dec 2010 20:37:26 +0900

UCSCでeditingで削られたり、増えたり、置換される塩基の情報はどこかから取ってこれるのでしょうか？

UCSC からの情報取得に詳しくないので傍観していたのですが、回答者が今のところいないので、分かる範囲で答えてみます。 UCSC からではなく、Ensembl からであれば、比較的簡単に RNA editing の情報を持って来れます。

"Bio::EnsEMBL::SeqEdit" モジュールを使うと、次のように RNA edit 後の mRNA 配列が得られます。

use Bio::EnsEMBL::SeqEdit;
use Bio::EnsEMBL::Attribute;

# construct a SeqEdit object using a Transcript attribute
($attribute) = @{ $translation->get_all_Attributes('_rna_edit') };
$seq_edit = Bio::EnsEMBL::SeqEdit( -ATTRIB => $attribute );

print $seq_edit->start(),   "\n";
print $seq_edit->end(),     "\n";
print $seq_edit->alt_seq(), "\n";

# apply the edit to some sequence
$seq = $transcript->spliced_seq();
print "Before modifiction: $seq\n";

$seq_edit->apply_edit( \$seq );
print "After modification: $seq\n";

こちのらコード、Ensembl API Docs からの転載です。より詳細は、http://uswest.ensembl.org/info/docs/Pdoc/ensembl/index.html のページをご参照ください。

TbDGC さんの目的には、例えば、

$refCDS = $transcript->translatable_seq();
$seq_edit->apply_edit( \$refCDS );

# xxx 番目の塩基が A に変わった場合の RNA edit 後の mRNA 配列を取得
$positionInCDS = xxx;
$sampleCDS = transcript->translatable_seq();
$sampleCDS.substr(xxx, 1) = 'A';
$seq_edit->apply_edit( \$sampleCDS );

# Compare $refCDS and $sampleCDS
...

こんなコードで実現できるのではないでしょうか。（こちらのコード、未テストです、済みません。）

他にもより良い方法はあると思いますが、参考になれば幸いです。

ここからは希望になりますが、 TogoWSのREST サービスにURLにchrom:position+AAで開けば、 geneX S324R （aGU→cGU）という結果が返ってくる仕組みがあれば、コンピューターに疎い先生方でも何とかなるんじゃないかと思うので、関係の方々がごらんになっておられたら、助言などをいただけると幸いです。

このようなサービスができると、とても素晴らしいと思います。期待してます！