Answers to: EMBOSSのtranseqの転写版ってありますか?

Answer by redgrapefruit

redgrapefruit — Fri, 10 Dec 2010 19:53:09 +0900

早速のご回答どうもありがとうございます。

perlのワンライナーでの置換、または、EMBOSSでならbiosedというコマンドを使えばよいのですね。

勉強になりました。どうもありがとうございました。

dritoshi — Fri, 10 Dec 2010 19:46:10 +0900

EMBOSS では biosed を使うみたいですね

biosed hoge.fa -target T -replace U

dritoshi — Fri, 10 Dec 2010 19:42:26 +0900

EMBOSS はわからないですがPerlのワンライナーで簡単に変換することができます。

echo "ATGC" |perl -lpe "s/T/U/g"

redgrapefruit — Fri, 10 Dec 2010 19:37:29 +0900

その通りです。DNA は G A T C から構成されていますが、RNA は G A U C なので、

そのように変換されるEMBOSSのコマンドがあれば教えていただきたいです。

dritoshi — Fri, 10 Dec 2010 19:34:27 +0900

DNA配列をRNA配列に直したいという意味でしょうか?