Answers to: 転写因子結合配列のデータベースについて

Comment by odamame on ma_ko's 回答

odamame — Mon, 20 Dec 2010 11:20:15 +0900

情報ありがとうございます！海外での状況が把握できて良いですね。こちらもチェックしながら各データベースの妥当と思われる利用法を検討してみます。どうもありがとうございました！

Answer by ma_ko

ma_ko — Mon, 20 Dec 2010 11:06:39 +0900

参考までに BioStar にあった
Transcription Factor Enrichment - BioStar
をリンクしておきます。

Comment by odamame on ogishima's 回答

odamame — Mon, 13 Dec 2010 19:52:48 +0900

回答ありがとうございます。今までで一番使えそう…な気がする（笑）ので、不慣れなmysqlを何とかして、使ってみようと思います（できるか不安ですが…w）。どうもありがとうございます！

Comment by odamame on suimye's 回答

odamame — Mon, 13 Dec 2010 16:29:16 +0900

ありがとうございます。私自身はゲノムワイドエピゲノム解析を行っているので、必要なのは結合予測の結果である候補配列がどのようにゲノム上にmapされるか、という情報になります…もしそういったものがまとまって利用出来るのであれば利用したい、と考えていました。とりあえず、見てみたい転写因子候補を絞って自作してみて、意味がありそうだったら有料のもので確かめる、（または、自作で済ませる？）という方向を考えてみようかなと思います。ご指摘いただいて、具体的に必要な情報の現状が把握できました。oPOSSOUM、GSEAについては、当初考えていたのと少し違う方向からこちらも利用できそうな気がします。検討してみます！ありがとうございました！

Answer by ogishima

ogishima — Mon, 13 Dec 2010 16:20:57 +0900

直接的な答えになっていないかもしれませんが、cisRED (cis-regulatory element database)というものがあります。冒頭の説明では、

The cisRED database holds conserved sequence motifs identified by genome scale motif discovery, similarity, clustering, co-occurrence and coexpression calculations. Sequence inputs include low-coverage genome sequence data and ENCODE data.

となっていて、保存されたモチーフについて、TRANSFACやJASPAR, ORegAnnoのアノテーションがつけられています。TRANSFAC, JASPAR, ORegAnnoは既出ですね。

Answer by suimye

suimye — Mon, 13 Dec 2010 16:05:48 +0900

私も転写屋なので、よくこの手の調べものをよくやります。

「転写因子の結合配列のデータベース」とあったので、結合予測結果のデータベース（もしくは解析パイプライン）ではないと勘違いしていました。結合予測ということでしたら最もリファレンスが多いのは、残念ながら有料の TRANSFACとGenomatixだと思います。また、JASPARはmatrixそのものが古いので（TRANSFACのmatrixの古いもの）、それが嫌ならば有料を選ぶか自分で作るしか他ないのが現状です。

下記は余談ですが。。

マイクロアレイ解析結果に基づくgenome wideの場合 JASPARを使った解析パイプラインは色々ありますが、co-expressionしているgene setの中から共通のTFBS matrixをみつけてくるoPOSSUMや、TFBS予測に基づく遺伝子セット(C3)が既にあるGSEAを使うのも手です。

予測ではなく、実験結果に基づく場合 ChIP-Seq or ChIP-on-Chip のpublic dataに基づいて、ChEAは、上記と同様に特定の遺伝子セットのproxymal promoterにenrichする転写因子を探してくれます。データ数がまだまだ少ないので個人的にはあまり面白くなかったのですが、使えるようでしたら。リンクはusecaseなので、見たら使い方がわかるとおもいます。

あ、literature baseのデータベースが抜けてますが、これはよく知らないのでだれか補間してくれるかな。。

Comment by odamame on bak_a_mono's 回答

odamame — Mon, 13 Dec 2010 01:00:42 +0900

ありがとうございます。まだ理解してないですが、ちょっと良く読んで使ってみるようにしてみます。ありがとうございました！

Comment by odamame on hub's 回答

odamame — Sun, 12 Dec 2010 23:35:41 +0900

ありがとうございます！探してみたのですが、自分で見つけられませんでした。Trackの名前だけでなくて内容もチェックするべきなんですね。内容をよく確かめて利用してみようと思います。本当にありがとうございます！

Answer by bak_a_mono

bak_a_mono — Sun, 12 Dec 2010 18:45:53 +0900

なかなか思い出せなかったのですが、transfacの他にJASPARというTFBS matrix DB(リポジトリ?)があります... 昨年一度DLして、今年になって更新されていたので再度DLした記憶がありますので、更新が再開されていると期待したいです。 DLしたtfbs matrixは、EMBOSSパッケージのjaspscan http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.0/emboss/apps/jaspscan.html で扱えたおぼろげな記憶があります。

Comment by hub on hub's 回答

hub — Sun, 12 Dec 2010 13:29:29 +0900

マウス(July 2007 (NCBI37/mm9) Assembly)では'Expression and Regulation'のなかの'ORegAnno'というのがそれのようですけど

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=175468867&c=chr12&g=oreganno

別に私も前から知っているわけじゃなくて今調べてここに書いているだけですけど…

Comment by odamame on hub's 回答

odamame — Sun, 12 Dec 2010 13:22:22 +0900

回答ありがとうございます。Trackにはマウスのものもあるのでしょうか？また、UCSCのアノテーショントラックに何が含まれているのかをまとめてチェックするにはどこを見たらいいかご助言お願いします。

Answer by hub

hub — Sun, 12 Dec 2010 13:07:16 +0900

全く同じ質問をBMB2010でも受けました(w 転写因子予測結合配列のデータベースでよく使われているTRANSFACって有料なんですよ。

大昔のフリーだったころのTRANSFACを元に計算した結果がUCSC Genome BrowserのTrack（アノテーショントラック）として利用可能なゲノムのバージョンもあるので、それ('Regulation'の'TFBS Conserved')を追加してみるとよいかと。 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=175468335&c=chrX&g=tfbsConsSites ＃ゲノムのバージョン、種によっては利用可能でないものも多々あるようです。

アノテーショントラックって何という方は、こちらの統合TVを http://togotv.dbcls.jp/20100722.html

フリーの転写因子予測結合配列のデータベースのJASPARとかもありますけど、それほど頻繁には更新されていないようですし、最近使っていないからよく知りません。知っている方教えてください。 http://jaspar.genereg.net/

この種の計算を自分でやるためのパイプラインとして前職時代にSayaMatcherというのをつくっておりました。その際は特定の転写因子の結合配列を自分たちで論文からデータを集めてきて、それを元に「パターン」を作成して計算させてその結果を眺めてターゲットを絞っておりました。そういった個別に作られた「パターン」を集めてデータベース化していくと「知のめぐり」がよくなっていいのになあ、と思っていますが、未だ果たせずにいます。もちろん、上記のデータベースがそれになっていってくれるのが一番いいのですが。ないのなら、できるところから始めないといけないのかなとも思っています。蛇足でした。