http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B<p>blast + バージョンのローカルブラスト(StandAlone blast)の使用方法を説明する動画を作っています。 以下にあげるコマンド以外で、よく使うコマンドがありましたら、教えてください。 いくつか取り入れて動画を作成できたらと思います。 またもし、誤っているコマンドがありましたら、教えてくださいm(__)m</p> <p>追記：みなさんから書いていただいた情報をもとに表を書き換えてみました。もし、お時間ありましたら、チェックしていただければと思います。</p> <table align="center" border="4" width="0"> <tbody><tr> <th>説明</th> <th>blast</th> <th>blast+</th> </tr> <tr align="center"> <td>フォーマット</td> <td>formatdb -i yeast.aa -p T -o T</td> <td>makeblastdb -in yeast.aa -dbtype prot -hash_index</td></tr> <tr align="center"> <td>検索(核酸)</td> <td>blastall -p blastn -d yeast.nt -i test.txt -o test.out</td> <td>blastn -db yeast.nt -query test.txt -out test.out</td></tr><tr align="center"> </tr><tr align="center"> <td>検索(アミノ酸)</td> <td>blastall -p blastp -d yeast.aa -i test.txt -o test.out</td> <td>blastp -db yeast.aa -query test.txt -out test.out</td></tr><tr align="center"> </tr><tr align="center"> <td>検索(核酸から翻訳したアミノ酸)</td> <td>blastall -p tblastx -d yeast.nt -i test.txt -o test.out</td> <td>tblastx -db yeast.nt -query test.txt -out test.out</td></tr><tr align="center"> <td>複数のデータベースをまとめて検索</td> <td>-blastall -p blastn -d "database1 database2"</td> <td>blastn -db "database1 database2" </td></tr><tr align="center"> <td>出力アラインメント数</td> <td>-b 数字</td> <td>-num_alignments 数字 </td></tr><tr align="center"> <td>E-valueの閾値を指定</td> <td>-e 0.1</td> <td>-evalue 0.1 </td></tr><tr align="center"> <td>低複雑度領域（フィルタ）のマスク</td> <td>-F F</td> <td>-seg yes(デフォルトが逆)</td></tr><tr align="center"> <td>検索結果リスト出力数</td> <td>-v 数字</td> <td>-num_descriptions　数字</td></tr><tr align="center"> <td>タブ区切りテキストで出力</td> <td>-m 9</td> <td>-outfmt 6 </td></tr><tr align="center"> <td>HTML形式で出力</td> <td>-T T</td> <td>　test.html -html</td></tr><tr align="center"> <td>使用するCPU数を調節</td> <td>-a 2</td> <td>-num_threads 2</td></tr><tr align="center"> </tr></tbody></table> <p>よろしくお願いします。</p>jaFri, 24 Dec 2010 09:54:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/228<p>データベースを指定する -d ですが、複数のデータベースをまとめて検索したい時にnalまたはpal ファイルを別途作成しなくても複数指定ができます。</p> <p><code> blastall -p blastn -d "database1 database2"<br> blastn -db "database1 database2" </code></p> <p>※引用符を　' から　" に直しました。</p>mya_Fri, 24 Dec 2010 09:54:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/228http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/192<p>もしサーバークラスのPCをお持ちであるならば-aオプションが便利です。 "-a (使用CPU数)"という形で使います。 検索したいお手持ちの配列数が多く時間がかかることが予想される場合、 使用CPU数を増やすことで時間短縮につながります。</p>TanakkyThu, 16 Dec 2010 12:58:43 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/192http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/190<p>核酸配列バージョンですかね。大雑把に言うと、</p> <ol> <li>blastnによる核酸配列レベルでの比較</li> <li>tblastxによる（翻訳した）アミノ酸配列レベルでの比較</li> </ol> <p>ですね。</p>hubThu, 16 Dec 2010 12:09:06 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/189/blast%E3%81%A7%E3%82%88%E3%81%8F%E4%BD%BF%E3%81%86%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/190