http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6<p>（オフラインで受けた質問が有益だったので、ここでshareしたいと思います）</p> <p>論文でマイクロアレイを使って実験、結果を出しているのに、NCBI GEO や EBI ArrayExpressのIDも明記されておらず、またその論文のsupplemental materialとしても添付されていない論文のマイクロアレイデータってどこかにデータベース化されているのでしょうか？されているとしたら、上記のGEOやArrayExpressでどうやって検索したらよいのでしょうか？</p>jaTue, 21 Dec 2010 11:29:11 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6/214<p>（私の回答としてはこんな感じでした）</p> <p>NCBI GEOや EBI ArrayExpressが公共のデータバンクですから、個別にデータベース化している場合をのぞいて「どこかにデータベース化」されていません。前者ならデータのIDが、個別にデータベース化している場合にはURLが論文に書いてあるでしょうから、それを元に調べましょう。前者の場合は、統合データベースプロジェクトで維持管理しておりますGEO目次 <a href="http://lifesciencedb.jp/geo/">http://lifesciencedb.jp/geo/</a>をご活用ください。</p>hubTue, 21 Dec 2010 11:29:11 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6/214http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6#213<p>お答えどうもありがとうございます。是非マイクロアレイデータは論文発表されたなら公共データベースに登録してください。人のためというよりも自分のデータが流通して多くの研究者に使ってもらい科学が発展するためと思って。よろしくお願いいたします。</p>hubTue, 21 Dec 2010 11:15:24 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6#213http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6/196<p>これは私もよく困惑させられています。 マイクロアレイに限らず次世代シーケンサでも同様なことがたまにあります。 私はたいてい以下のようなことをやってダメならあきらめます。</p> <ol> <li>Pubmedでその論文を検索し,GEOのリンクがないか確かめる。</li> <li>ラストauthorの研究室ホームページに行き、データを公開していないか確かめる。</li> <li>どうしてもそのデータを使いたい場合、そのラストauthorにメールをして直接送ってもらう。</li> </ol>TanakkyFri, 17 Dec 2010 12:50:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/195/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%A2%E3%83%AC%E3%82%A4%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%9C%A8%E3%82%8A%E5%87%A6/196