http://qa.lifesciencedb.jp/questions/229/illumina%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AEpaired-end-mate-pair%E8%AD%98%E5%88%A5%E6%96%B9%E6%B3%95<p>illuminaシーケンスのライブラリを作成する場合、paired-endとmate-pairの２種類の作成方法があるようですが、 これら２種類のライブラリが混在しているシーケンス群が存在していたとして、補足情報無しで素のシーケンスデータのみでシーケンス仕分けできる方法がありましたら教えて下さい。</p> <p><a href="http://www.novocraft.com/wiki/tiki-index.php?page=Paired+Read+Modes&amp;structure=Novocraft+Technologies&amp;page_ref_id=74">novoalignのように、mapping状況から推測して仕分ける</a>のではなく、解析にかける前処理として仕分けがしたい、というのが目的です。</p> <p>Paired End ライブラリの場合: <a href="http://www.illumina.com/systems/genome_analyzer/paired_end_module.ilmn">http://www.illumina.com/systems/genome_analyzer/paired_end_module.ilmn</a> </p><pre> ---[read1]---&gt;(insert)&lt;===[read2]=== </pre> Mate Pair ライブラリの場合: <a>http://www.illumina.com/technology/mate_pair_sequencing_assay.ilmn</a> <pre> &lt;===[read2]===(long insert)---[read1]---&gt; </pre><p></p> <p>参考にしたページ:<br> 1. <a>http://biostar.stackexchange.com/questions/789/about-paired-end-sequencing</a><br> 2. <a>http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=7088</a><br> 3. <a>http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=5085</a></p>jaMon, 22 May 2023 18:22:26 -0000