Answers to: SRA や DRA からのおすすめダウンロード法は?

Answer by mn3

mn3 — Wed, 02 Feb 2011 18:55:02 +0900

参考までにDownload Guide - SRA Handbook - NCBI Bookshelf を紹介します。ウェブサイトとツールキットによるダウンロード方法を解説しています。

Answer by DDBJ

DDBJ — Fri, 21 Jan 2011 16:38:48 +0900

日本からのダウンロードでしたら、DDBJ から ftp でダウンロードすることをおすすめいたします。
アクセスが集中していない限り、NCBI から aspera で落とすのと同等以上の速度がでると思います。
また、ftp の方が通信の安定性や使い勝手の面でも扱いやすいと思います。

DDBJ では sra_lite と fastq を提供しています。

・sra_lite
・fastq

また、対象のアクセッション番号が分かっている場合、DRA Search で検索していただくと ftp へのリンクが有ります。

例）
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/getExperimentDetail?query=DRX000001
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/getRunDetail?query=DRR000001

linux もしくは mac をお使いで、転送速度がそれほど出ない場合、簡単なパラメータの変更で速度のチューニングが出来ます。

rootユーザにて（sudo bash)
echo "1048576" > /proc/sys/net/core/rmem_default
echo "1048576" > /proc/sys/net/core/rmem_max

とコマンドを打てばチューニング完了です。

再起動すれば上記で変更した値は元に戻ります。
もしご心配の場合には、変更前に既存の値を保存しておいてください。
cat /proc/sys/net/core/rmem_default
cat /proc/sys/net/core/rmem_max

上書きすれば元に戻ります。

windows7, vista をお使いの場合には、チューニングする必要はありません。

もし速度がでない等ありましたら状況を確認しますので　trace@ddbj.nig.ac.jp までご連絡ください。

Answer by ma_ko

ma_ko — Wed, 29 Dec 2010 18:54:42 +0900

CUI でもう少し便利やれるだろうと調べてました。
以下のやり方では

-k1 でレジューム
-l(数値)M で転送速度調整
SRX026379以下にある2つの .lite.sra ファイルをダウンロード

が出来たようです。

./ascp -l200M -k1 -QT -i asperaweb_id_dsa.putty anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByExp/litesra/SRX/SRX026/SRX026379/ ~/SRA_SeqCapV2/

オプションはここを参考にしました (ただし、文中で -l200m となっているが -l200M の間違いと思われる)。
Studies : Browse : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH

Answer by yag_ays

yag_ays — Fri, 24 Dec 2010 12:21:17 +0900

個人的には「Aspera Connect(GUI)を使ってブラウザからDLする」という方法が一番良いのではないかと思っています．ウェブブラウザからSRAを開いて目的のファイルをダウンロードすればURLを手打ちせずに済みますし，Aspera ConnectのGUI版では途中切断・復帰が可能です．GUI環境に限られるといった制限もありますが，この方法が一番安定していると思います．

CUI環境に限られるのであれば，「ftpを使ってDLする」という方法が良いと思います．私自身もリモートの計算機ではこの方法を使っています．ftpならばコマンドライン上でファイルサイズの確認もできますし，複数のファイルを一度にDLすることもできます，確かSRAではasperaが推奨されていたように記憶していますが，現状のところCUIのascpは少し使いにくいというのが私の感想です．

この質問の内容からは少し逸れますが，DRA(DDBJ Sequence Read Archive)もSRAと同様にシーケンスデータをアーカイブしているので，そちらを利用するのも手だと思います．現在のところ，ファイルサイズの小さいfastqフォーマットで配布されていますし転送速度も早いと思います．