Answers to: Transcriptome analysisとRNASeqの違いについて

Comment by yuifu on DDBJ's 回答

yuifu — Mon, 24 Jan 2011 13:16:59 +0900

ありがとうございます。

Transcriptome Analysisは、RNAを読むのに加えて、新規な転写産物がどのような配列によって制御されているのか、を調べるのに主眼をおいているのですね。

Answer by DDBJ

DDBJ — Fri, 21 Jan 2011 11:59:32 +0900

Transcriptome Analysis では RNASeq よりも characterization が意識されています。
例としては nanoCAGE による解析などが挙げられます。
下記の一覧をご参考ください。
なお、全てのデータでこの通りに使い分けられているわけではありませんので、ご承知おきください。

Comment by yuifu on mn3's 回答

yuifu — Wed, 19 Jan 2011 15:21:36 +0900

素早い回答、ありがとうございます。

Transcriptome Analysisでは、characterizationが意識されているということでしょうか。浅学のためか、まだよく分かりません。すみません。

Answer by mn3

mn3 — Wed, 19 Jan 2011 02:09:37 +0900

ftp://ftp.era.ebi.ac.uk/meta/doc/sra_1_1/SRA.study.pdf や [v1] View of /trunk/sra/doc/SRA_1-2/SRA.study.xsd では、

  <xs:enumeration value = "Transcriptome Analysis">
    <xs:annotation>
      <xs:documentation>
         Sequencing and characterization of transcription elements.
      </xs:documentation>
    </xs:annotation>  
  </xs:enumeration>

や

  <xs:enumeration value = "RNASeq">
    <xs:annotation>
      <xs:documentation>
        RNA sequencing study.
      </xs:documentation>
    </xs:annotation>   
  </xs:enumeration>

とありました。