http://qa.lifesciencedb.jp/questions/284/mac%E3%81%A7ensembl-api-%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%AE-dbd-mysql-%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB<p>データを解析する際にPerlとEnsembl APIを組み合わせて使用してみたいと考えております。システム構成としまして<br> Macbook pro (SnowLeopard)<br> Perl 5.13.9　(perlbrewでインストール済み)<br> bioperl 1.6.1インストール済み<br> MySQL5.5.8(64bit)をインストール済み（必要ないかもしれませんが）<br> DBI はcpanでインストール済み<br> まではうまくインストールができているようで、MySQLも起動できます。<br> 次に必要となる DBD:mysql をcpanを用いまして、インストールしたいとと思うのですがエラーがでました。<br> そこで、DBD-mysql-4.018をソースでダウンロードして、makeするとやはり、cpanのときと同様に</p> <blockquote> <p>Argument "6.57_05" isn't numeric in numeric ge (&gt;=) at Makefile.PL line 350, &lt;pipe&gt; line 138.<br> Using DBI 1.616 (for perl 5.013009 on darwin-2level) installed in /Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/site_perl/5.13.9/darwin-2level/auto/DBI/<br> Writing Makefile for DBD::mysql<br> Writing MYMETA.yml<br> ---:DBD-mysql-4.0181 ---$ sudo make<br> Skip blib/lib/DBD/mysql.pm (unchanged)<br> Skip blib/lib/DBD/mysql/GetInfo.pm (unchanged)<br> Skip blib/lib/DBD/mysql/INSTALL.pod (unchanged)<br> Skip blib/lib/Bundle/DBD/mysql.pm (unchanged)<br> cc -c -I/Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/site_perl/5.13.9/darwin-2level/auto/DBI -I/usr/local/mysql/include -Os -g -fno-common<br> &gt;-fno-strict-aliasing -arch x86_64 -DDBD_MYSQL_INSERT_ID_IS_GOOD -g -fno-common -DPERL_DARWIN -no-cpp-precomp -fno-strict-aliasing -pipe -fstack-protector<br> &gt;-I/usr/local/include -I/opt/local/include -O3 -DVERSION="4.018" -DXS_VERSION="4.018" <br> &gt;"-I/Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/5.13.9/darwin-2level/CORE" dbdimp.c<br> dbdimp.c: In function 'mysql_db_FETCH_attrib':<br> dbdimp.c:2447: error: 'sv_undef' undeclared (first use in this function)<br> dbdimp.c:2447: error: (Each undeclared identifier is reported only once<br> dbdimp.c:2447: error: for each function it appears in.)<br> dbdimp.c: In function 'mysql_st_internal_execute41':<br> dbdimp.c:3298: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'my_ulonglong'<br> dbdimp.c: In function 'mysql_describe':<br> dbdimp.c:3517: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 5 has type 'long unsigned int'<br> dbdimp.c:3521: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'long unsigned int'<br> dbdimp.c: In function 'mysql_st_fetch':<br> dbdimp.c:3738: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'long int'<br> dbdimp.c:3780: warning: format '%08lx' expects type 'long unsigned int', but argument 3 has type 'struct MYSQL_RES <em>'<br> dbdimp.c:3782: warning: format '%llu' expects type 'long long unsigned int', but argument 3 has type 'unsigned int'<br> dbdimp.c: In function 'mysql_st_FETCH_attrib':<br> dbdimp.c:4365: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'my_ulonglong'<br> dbdimp.c: In function 'mysql_bind_ph':<br> dbdimp.c:4571: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'IV'<br> dbdimp.c:4583: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'IV'<br> dbdimp.c:4595: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'IV'<br> dbdimp.c:4609: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 3 has type 'IV'<br> dbdimp.c:4630: warning: format '%d' expects type 'int', but argument 5 has type 'IV'<br> make: </em>** [dbdimp.o] Error 1<br></p> </blockquote> <p>と表示され、インストールできません。インターネットの情報を頼りにマニュアルで<br> </p><pre> #ifndef sv_undef #define sv_undef PL_sv_undef #endif </pre> として、無理矢理インストールを進めたあと、 サンプルプログラムの<p></p> <blockquote> <p>use warnings; <br>use Bio::EnsEMBL::Registry;<br> <br> my $registry ='Bio::EnsEMBL::Registry';<br> $registry-&gt;load_registry_from_db(<br> -host =&gt; 'ensembldb.ensembl.org',<br> -user =&gt; 'anonymous' );<br> <br> my $slice_adaptor = $registry-&gt;get_adaptor( 'Human', 'Core', 'Slice' ); <br> my $slice = $slice_adaptor-&gt;fetch_by_region('chromosome', '12','1000000','1000050');<br> my $coord_sys = $slice-&gt;coord_system()-&gt;name(); <br> my $seq_region = $slice-&gt;seq_region_name(); <br> my $start = $slice-&gt;start(); <br> my $end = $slice-&gt;end(); <br> my $strand = $slice-&gt;strand(); <br> my $seq = $slice-&gt;seq(); print "Slice:$coord_sys $seq_region $start-$end($strand)¥n$seq¥n";<br></p> </blockquote> <p>を実行しますと</p> <blockquote> <p>Can't load '/Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/site_perl/5.13.9/darwin-2level/auto/DBD/mysql/mysql.bundle' for module DBD::mysql: dlopen(/Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/site_perl/5.13.9/darwin-2level/auto/DBD/mysql/mysql.bundle, 1): Library not loaded: libmysqlclient.16.dylib<br> Referenced from: /Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/site_perl/5.13.9/darwin-2level/auto/DBD/mysql/mysql.bundle<br> Reason: image not found at /Users/---/perl5/perlbrew/perls/perl-5.13.9/lib/5.13.9/darwin-2level/DynaLoader.pm line 200.<br> at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/StatementHandle.pm line 48<br> Compilation failed in require at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/StatementHandle.pm line 48.<br> BEGIN failed--compilation aborted at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/StatementHandle.pm line 48.<br> Compilation failed in require at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 68.<br> BEGIN failed--compilation aborted at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 68.<br> Compilation failed in require at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm line 59.<br> BEGIN failed--compilation aborted at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBAdaptor.pm line 59.<br> Compilation failed in require at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm line 123.<br> BEGIN failed--compilation aborted at /Users/---/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm line 123.<br> Compilation failed in require at splice.pl line 3.<br> BEGIN failed--compilation aborted at splice.pl line 3.<br></p> </blockquote> <p>とエラーが出て実行できません。いちおうbioperlはもっと古いバージョンが必要と言うことになっておりますが、ubuntuでは 同様な手続きで Ensembl API が利用できております。いずれにしましても、とりあえずはDBD::mysqlがインストールできない ところが困っているところですので直接はbioperl以前の問題ではと考えております。mySQLを32bit版に変更しても同様です。</p> <p>どなたか、MacでこのAPIを使用されておられる方がおられましたら、アドバイスをいただきたいと思います。 ぜひ、よろしくお願いします。</p>jaSat, 29 Jan 2011 13:38:39 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/284/mac%E3%81%A7ensembl-api-%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%AE-dbd-mysql-%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/300<p>libmysqlclient.16.dylib<br> が存在するパスを<br> DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH<br> で指定することでうまくいきました。<br> どうもありがとうございました。</p>gatapishiSat, 29 Jan 2011 13:38:39 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/284/mac%E3%81%A7ensembl-api-%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%AE-dbd-mysql-%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/300http://qa.lifesciencedb.jp/questions/284/mac%E3%81%A7ensembl-api-%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%AE-dbd-mysql-%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/288<p>自分の場合はどうやったか記憶が定かではないですが、 多分、MySQLの何かのファイルが、Macだとubuntuなどとは別のところに置かれているのが原因かと思います（経験的に）。</p> <p>CPAN経由でなく、DBD::mysqlのソースを落としてきてインストールしてみてはどうでしょう。</p> <p>それでもうまくいかないなら、 「DBD::mysql Mac」などでググると、perl Makefile.PL するときにいくつかオプション指定している先例が見つかるだろうので それを見ながらトライしてもよいかと思います。</p>theclaTue, 25 Jan 2011 10:06:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/284/mac%E3%81%A7ensembl-api-%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E9%9A%9B%E3%81%AE-dbd-mysql-%E3%83%A2%E3%82%B8%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/288