Answers to: Bowtieのコマンド入力の仕方

Answer by Tanakky

Tanakky — Wed, 09 Feb 2011 11:53:42 +0900

少し間違いがありました。-nオプションは0-3までしか取れないので-n 4だとエラーが出ると思います。 index fileが開けない理由としては、以下のことが考えられます。

Index filesのダウンロード、解凍時に何らかのエラーが起こった（ファイルが壊れた。）
Bowtieのサイトにあるindexファイルは古いversionで作られたファイルで、最新版bowtieに対応していない。（ただbowtieのサイトでは互換性はあるようなことが書いてありましたが・・・）

1に関してはもう一度ダウンロードをしなおしてやれば解決できます。2の場合はbowtie-buildで自分で indexファイルを作成することで解決できます。私の手元にあったbowtieはversionが0.12.2でしたが、それではダウンロードしたindex fileでうまくいきました。

Answer by dna

dna — Tue, 08 Feb 2011 18:09:45 +0900

ご返信ありがとうございます。

$ ./bowtie -n 4 -m 1 -a --best --strata indexes/m_musculus_ncbi37 reads/ERR008125.fastq sample.out のようにコマンドを出しましたが、 Could not open index file と表示されてしまうのですが、対処法はありますでしょうか。

また、paired endの場合は、Manualを見ますと、 bestとstrataを抜かして-kを入力するという解釈でよろしいでしょうか。

Answer by Tanakky

Tanakky — Tue, 08 Feb 2011 10:44:09 +0900

お持ちのデータはsingle-endと考えてよろしいでしょうか？ indexファイルもfastqファイルもどこにおいても構いませんが、それぞれ特定のディレクトリ内に入れておくとまとまっていていいと思います。（例えば、fastqファイルはreadsというディレクトリにすべていれておくとか）。なのでindexファイルをindexes、fastqファイルをreadsというディレクトリに入れておいたと仮定すると、 $ ./bowtie -n 4 -m 1 -a --best --strata indexes/hg19 reads/sample.fastq sample.out とすればいいと思います。 "-n"はシード内ミスマッチ数。 "-m"は指定した数より多いマルチヒットがあった場合結果を出さない。-m 1は２個以上のマルチヒットがあればレポートしない、つまりユニークヒットだけ出力するということです。 "-a --best --strata"はベストヒットを出すためのおまじないと考えてください。この３つはいつもセットで使うことが多いです。

複数同時にマッピングするにはコンピューターのCPU数も考える必要があります。もしマルチCPUならばbowtieを２回走らせればいいだけですが、そうでないならば一つずつ走らせてやる方がいいと思います。メモリの制限もありますので。