Answer by DEF

DEF — Fri, 11 Feb 2011 18:14:47 +0900

返答有り難う御座います。 FindPeaks4をいじってみました。色々なフォーマットが使えるということなので、.samファイルを経由せずに直接以下のようなデータ形式のs_N_sorted.txtをinputファイルとして使うことにしました。

SOLEXA2-90529   17      5       64      4127    7001    0       1       ATCTCCCTCTGATAATCCTTCCAAATTCTCTACATT    ggggggggggggfggggdgggggdgggggggggggg    chr1.fa         3002960 R       36      119                                   

SOLEXA2-90529    17      5       111     11472   13790   0       1       AATTTGGAAGGATTATCAGAGGGAGATTTTGCTTTC    gggggggggggggffcdcf_ffffffffffeeeeg    chr1.fa         3002969 F       36      119                                   

SOLEXA2-90529    17      5       1       7062    9141    0       1       TGTGAAATAAGTCAGCCCCTTTAGTTCATTAATGTA    ggggggeggeffRfdfffffgggggfggggdfffdf    chr1.fa         3003022 F       36      119

ここで再び質問なのですが、FindPeaks4のmanualにはinputファイルがs_N_sorted.txtの場合のAligner parameterがなんなのか書かれていません。何にすれば良いのでしょうか？

Answer by mya_

mya_ — Wed, 09 Feb 2011 17:41:35 +0900

同封のテストファイルはEland（というツールの）フォーマットです。同じく同封のマニュアルに出ていますが、Findpeaks3.1.9.2はデフォルトがElandモードでsamは読めません。BEDフォーマットも、フリーダウンロード可能な版では読めません。

データフォーマット変換ツールを探されるよりは、扱えるフォーマットが増えているFindPeaks4系を導入して解析された方がよさそうです。⇒WorkFlows

Answers to: FindPeaksの使い方

Answer by DEF

Answer by mya_