http://qa.lifesciencedb.jp/questions/316/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC-%E3%81%8A%E3%81%9D%E3%82%89%E3%81%8Fblat%E3%81%AE%E3%81%A8%E3%81%93%E3%82%8D<p>de novo transcriptome assemblyプログラムの一つにtrans-ABySSというのがあり、このプログラムの実行時にエラーが出て計算が止まってしまう問題を抱えています。 trans-ABySSのGoogleディスカッショングループに質問を投げたところ、Blatのところが問題なんじゃないかというコメントがありましたが、このような問題に遭遇した方がもしいらっしゃったら解決法についてご指南いただければ幸いです。</p>jaThu, 17 Feb 2011 12:09:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/316/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC-%E3%81%8A%E3%81%9D%E3%82%89%E3%81%8Fblat%E3%81%AE%E3%81%A8%E3%81%93%E3%82%8D/321<p><a href="http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html">blat</a> は 5000bp より長いクエリを受け付けています。たとえば、<a href="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start">http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start</a>では、</p> <blockquote> <p>Only DNA sequences of 25,000 or fewer bases and protein or translated sequence of 10000 or fewer letters will be processed. Up to 25 sequences can be submitted at the same time. The total limit for multiple sequence submissions is 50,000 bases or 25,000 letters.</p> </blockquote> <p>といのことで、すくなくとも 25,000 塩基までは受け付けています。ですので、クエリの長さ制限以外のところにエラーがあるようですね。<a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html">BLAT Program Specifications</a> にもクエリ長さ制限については記載がありませんでした。</p>mn3Thu, 17 Feb 2011 12:09:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/316/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC-%E3%81%8A%E3%81%9D%E3%82%89%E3%81%8Fblat%E3%81%AE%E3%81%A8%E3%81%93%E3%82%8D/321