http://qa.lifesciencedb.jp/questions/323/solid-pair-end-%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92bowtie%E3%81%A7%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88<p>頭の中がこんがらがってきました。 SOLIDのpair end シークエンス（カラーデータ）をbowtieでアラインしたいのですが <code>bowtie -p 22 --chunkmbs 1024 -a -C -S --ff path/to/index -1 path/to/F5.csfasta -2 path/to/F3.csfasta -Q1 path/to/F5.qual -Q2 path/to/F3.qual /path/to/result.sam</code> といった感じでコマンドをたたいたのですが </p><pre>Extra parameter(s) specified:　”path/to/F3.qual”, ”path/to/index”, "/path/to/result.sam" Note that if &lt;mates&gt; files are specified using -1/-2, a &lt;singles&gt; file cannot also be specified. Please run bowtie separately for mates and singles. </pre> どこが悪いのでしょうか？ F５とF３のpair endなのです。<p></p>jaTue, 22 Feb 2011 16:20:44 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/323/solid-pair-end-%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92bowtie%E3%81%A7%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88/326<p>その通りでございます。ついでに申しますと-fのオプションも足りませんでした。 どうもありがとうございました。</p>fumumumuTue, 22 Feb 2011 16:20:44 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/323/solid-pair-end-%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92bowtie%E3%81%A7%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88/326http://qa.lifesciencedb.jp/questions/323/solid-pair-end-%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92bowtie%E3%81%A7%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88/324<pre><code>--Q1/--Q2 &lt;file&gt; same as -Q, but for mate files 1 and 2 respectively ↑　ハイフンは　２個 </code></pre> <p>という単純な問題、だといいのですが、どうでしょう。</p>mya_Tue, 22 Feb 2011 14:59:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/323/solid-pair-end-%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92bowtie%E3%81%A7%E3%82%A2%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88/324