http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B<p>現在、ある染色体の配列をfasta形式で持っているのですが、 これにindelを反映させたいと考えています。</p> <p>indelは、例えば、</p> <pre><code>1239000base　　ATGGA　　insertion 1240000base GT　 deletion </code></pre> <p>という状態で、エクセル上に保存してあります。</p> <p>最終的にfasta形式を変えないまま、数百個のindelを挿入あるいは欠失させたいのですが、 どのような手段をとったらいいのでしょうか？</p> <p>ソフト等の購入費用はありません。。。</p>jaThu, 24 Feb 2011 19:58:41 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/347<p>わざわざありがとうございます。 感謝いたします。 プログラムは初心者なのでよくわからないのですが、 biorubyは以下のホームページの通りにダウンロードしたらいいんでしょうか。 過去に何回かcygwinで解析したことがあるのですが、今回は、いまいちよくわかりません。</p> <p><a href="http://dev.bioruby.org/ja/?install">http://dev.bioruby.org/ja/?install</a></p>kenkenThu, 24 Feb 2011 19:58:41 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/347http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/338<p>Biostarに似たような質問があったので，リンクを貼っておきます．</p> <p><a href="http://biostar.stackexchange.com/questions/2529/how-to-insert-or-delete-nucleoties-at-various-locations-in-large-dna-file">http://biostar.stackexchange.com/questions/2529/how-to-insert-or-delete-nucleoties-at-various-locations-in-large-dna-file</a></p>yag_aysThu, 24 Feb 2011 09:52:43 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/338http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/336<p>参考になるアドバイスありがとうございます。 使い方と結果と全く同じことを cygwin上で行ってみました。 エラーが出てしまうのですが、私のやり方の問題でしょうか。。。</p> <pre>$ ruby indel.rb indels.txt fasta.fasta indel.rb:3:in `require': no such file to load -- bio (LoadError) from indel.rb:3 </pre> <p>とのことです。</p>kenkenThu, 24 Feb 2011 00:22:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/336http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/335<p>塩基配列を弄る系のソフトを簡単に見てみた限りだとkenkenさんの要求する操作ができるものがなかったので，適当にスクリプト書いてみました．こんなものが欲しいという理解でよろしいでしょうか．</p> <p>ソースコード　：　<a href="https://gist.github.com/840281">https://gist.github.com/840281</a></p> <p>使い方と結果　：　<a href="http://gyazo.com/d055680402948cd245eeaba2b60a373e.png">http://gyazo.com/d055680402948cd245eeaba2b60a373e.png</a></p> <p>久しぶりにruby書いたので，ちょっとバグがあるかもしれません．<del>動作保証もできないですが，要望があれば直します．</del></p> <p>追記(2011/03/04)：取り敢えず解決された(?)のでしょうか．特に要望も無さそうなので，これで一端終わりにします．ソースコード等は自由に使ってもらって構いませんが，スクリプトの保守管理やbug fixは今後やりません．</p>yag_aysWed, 23 Feb 2011 20:04:59 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/328/indel%E3%82%92%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AB%E5%8F%8D%E6%98%A0%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B/335