http://qa.lifesciencedb.jp/questions/355/%E6%96%B0%E5%9E%8B%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B5%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%AB%E3%81%A9%E3%82%93%E3%81%AA%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%8C%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B-%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%81%A8%E6%AC%A0%E7%82%B9%E3%82%92<p>DDBJでは native vendor fileから 画像を落とした 標準形 SRAはあまりかさばるので intensityを落としたSRA-liteでミラーしてます。</p>jaFri, 25 Feb 2011 15:49:34 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/355/%E6%96%B0%E5%9E%8B%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B5%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%AB%E3%81%A9%E3%82%93%E3%81%AA%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%8C%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B-%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%81%A8%E6%AC%A0%E7%82%B9%E3%82%92/357<p>DRAではFASTQ形式をサポートしております。特徴は下記を御参照ください。 </p><table border="3"> <caption>ファイル形式 on ftp server</caption> <tbody><tr> <th></th><th>FASTQ形式</th><th>SRA-Lite形式</th><th>SRA形式</th> </tr> <tr> <th>DRA</th><td>○</td><td>○</td><td></td> </tr> <tr> <th>ERA</th><td>○</td><td></td><td>※※※</td> </tr> <tr> <th>SRA</th><td></td><td>○</td><td>○</td> </tr> <tr><th>総サイズ(※)</th> <td>49TB</td><td>95TB</td><td>171TB</td></tr> <tr><th>総サイズ比率(※)</th><td>0.29</td> <td>0.56</td> <td>1</td></tr> <tr><th>特徴</th><td>配列とQuality Scoreのみ</td> <td>SRAの軽量版</td> <td>会社独自シーケンサ生出力形式に変換可</td></tr> <tr><th>圧縮</th><td>外部(※※)</td> <td>内部</td> <td>内部</td></tr> <tr><th>欠点</th><td>---</td> <td>取扱に専用ツール(sra toolkit)が必要 </td> <td>取扱に専用ツール(sra toolkit)が必要<br>ファイルサイズ大</td></tr> </tbody></table><p></p> <p>※2011.2.25時点(調査源:FASTQ:DRA, SRA-Lite,SRA:SRA)<br> ※※DRAではbz2圧縮のFASTQファイルを提供<br> ※※※karツール(sra toolkit)展開後の個別ファイル(アーカイブ無)なら有</p>Eli KaminumaFri, 25 Feb 2011 15:49:34 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/355/%E6%96%B0%E5%9E%8B%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%B1%E3%83%B3%E3%82%B5%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%AB%E3%81%A9%E3%82%93%E3%81%AA%E5%BD%A2%E5%BC%8F%E3%81%8C%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B-%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%81%A8%E6%AC%A0%E7%82%B9%E3%82%92/357