http://qa.lifesciencedb.jp/questions/390/ucsc-genome-browser%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%81%BE%E3%81%9F%E3%81%AF%E5%BB%89%E4%BE%A1%E3%81%AAbam%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B<p>現在、<a href="http://ngs-field.org/">NGS現場の会</a>内の有志と協調して、次世代シーケンサーのチュートリアルをwikiにまとめたりしており、</p> <p>その一環でマッピング結果の可視化などを行うために、BAMファイルをUCSC Genome Browserでカスタムトラックとして追加する方法について<a href="https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=UCSC+Genome+Browser%E3%81%A7BAM%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80&amp;no_bl=y#a0ee2b4c4486502a65447fff580d4eadd">こちら</a>に記載しているのですが、私の理解が正しければ、BAMファイルや、bigBEDファイルをカスタムトラックとして追加するためには、UCSCのサーバからアクセス可能な場所に BAMファイルとBAIファイルをアップロードしなければならず、特に自由に使用可能な公開ファイルサーバなど手元にないwet系の研究者の方などには敷居が高いように思っております。</p> <ul> <li><a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigBed.html">UCSC BAMアップロード説明ページ</a></li> <li><a href="http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bam.html">UCSC bigBEDアップロード説明ページ</a></li> </ul> <p>最近では、クラウドサービスの普及で、google等、廉価に数ギガバイトのストレージを提供するサービスも多々見受けられます。</p> <p>もしどなたか、気軽に使用可能でUCSCからのサーバアクセスに対応している(BASIC認証対応のHTTPS経由でURIを指定してファイル単位アクセス可能な)フリー、あるいは廉価なストレージサービスをご存知の方はおられますでしょうか。</p> <p>ちなみに、MSNのSkyDriveを試してみましたが、ファイルのアクセス時にjavascriptを経由するようなので、無理そうでした。</p> <p><strong>これ以降は、参考情報です</strong></p> <p><strong>検証用のデータ</strong></p> <p>以下に検証用の小さいデータを配置しました。 マウスのデータSRRデータをランダムに1000本取り出したデータをBWAデフォルトオプションでmm9にマッピングしたもので"chr1:24,537,471-24,777,916"に張り付きます。 以下からダウンロード可能です。bamとbaiを両方ストレージにアップロードする必要があります。</p> <ul> <li>http://cell-innovation.nig.ac.jp/export/public/ucsc_101201/SRX000350_SRR001356_1000.bam</li> <li>http://cell-innovation.nig.ac.jp/export/public/ucsc_101201/SRX000350_SRR001356_1000.bam.bai</li> </ul> <p>サイズはbamが52KB、baiが1,2MBです。</p> <p><strong>検証方法</strong></p> <p>UCSC genome browserにadd trackする場合は、以下の文字列を参考にしてください。bigDataUrlの部分だけ、 ストレージサービスの対応する公開URLに置き換えると、UCSCサーバからそのストレージに参照に行くはずです。</p> <p>track type=bam bigDataUrl="http://cell-innovation.nig.ac.jp/export/public/ucsc_101201/SRX000350_SRR001356_1000.bam" visibility="squish" db="mm9" browser position chr1:24,537,471-24,777,916</p> <p>認証付きの場合は、add custom tracksの際にUCSCに接続する際にhttpでなくhttpsを指定するようにして、 add tracksする文字列としては以下のように"user:password@"を付加するようにして下さい。 httpsにしないと、ID、パスワードが漏洩しますのでご注意ください。</p> <p>track type=bam bigDataUrl="https://user:password@server.com/somepath/SRX000350_SRR001356_1000.bam" visibility="squish" db="mm9" browser position chr1:24,537,471-24,777,916</p> <p><strong>注意</strong></p> <p>いただいた情報は記載していただいた方のattributionが分かる形でwikiの方に引用させていただきたいと考えておりますので、ご了承いただけますと幸いです。</p> <p><strong>背景</strong></p> <ul> <li>他にフリーのBAM対応ゲノムビューワがあることは存じておりますが、UCSCには以下のメリットがあると考えています。</li> <li>UCSCの既存アノテーショントラックの多さのメリット</li> <li>ローカルに大きなメモリを搭載したPCを用いる必要がないメリット</li> <li>BAMをBED等に変換すれば、サーバの確保問題は発生しないことも存じておりますが、BAMには以下のメリットがあると考えています。</li> <li>ミスマッチ、InDel等の情報量の豊富さのメリット。</li> <li>BAM,bigBEDはランダムアクセス可能なので、トラック追加に時間がかからず、多くのトラックを同時に追加可能であるメリット</li> <li>参考：<a href="https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=UCSC+Genome+Browser%E3%81%A7BED%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80#a8c5b44526aa98b3cd465a57f242a80bc">BEDの追加方法</a></li> </ul> <p>その他、リンク先のwikiでお気づきの点へのコメント等もよろしくお願いします。</p>jaThu, 03 Mar 2011 01:01:15 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/390/ucsc-genome-browser%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%81%BE%E3%81%9F%E3%81%AF%E5%BB%89%E4%BE%A1%E3%81%AAbam%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/392<p>３つの方法を思いつきました。</p> <ol> <li>Dorpbox の公開アクセスフォルダにファイルをおく。例：<a href="https://dl.dropbox.com/u/152468/example.txt">https://dl.dropbox.com/u/152468/example.txt</a></li> <li>ソースコードレポジトリ github.com にファイルをおく。例：<a href="https://github.com/nakao/osqa/raw/master/README">https://github.com/nakao/osqa/raw/master/README</a></li> <li>Galaxy の公開ヒストリを利用する。例：<a href="http://galaxy.dbcls.jp/u/masakazu/h/unnamed-history">http://galaxy.dbcls.jp/u/masakazu/h/unnamed-history</a></li> </ol> <p>どれもテキストファイルとしてアクセスできるアドレスが提供できます。また、どれも無料で利用できる範囲です。github は git コマンドをつかってファイルを配置するので、この目的には敷居が高いかもしれません。</p> <p>ただし、アクセス制御の認証はありません。</p>mn3Thu, 03 Mar 2011 01:01:15 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/390/ucsc-genome-browser%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%81%BE%E3%81%9F%E3%81%AF%E5%BB%89%E4%BE%A1%E3%81%AAbam%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/392http://qa.lifesciencedb.jp/questions/390/ucsc-genome-browser%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%81%BE%E3%81%9F%E3%81%AF%E5%BB%89%E4%BE%A1%E3%81%AAbam%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/391<p>Can not fully understand the Japanese, so forgive me for this. The Amazon AWS provides free tier including 5 GB storage and also micro EC2 instance, if you need more, 10 GB will just cost 1 USD or something. hope this is useful to you.</p>austinlewThu, 03 Mar 2011 00:31:41 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/390/ucsc-genome-browser%E3%81%8B%E3%82%89%E3%81%AE%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%AB%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%81%BE%E3%81%9F%E3%81%AF%E5%BB%89%E4%BE%A1%E3%81%AAbam%E7%BD%AE%E3%81%8D%E5%A0%B4%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/391