http://qa.lifesciencedb.jp/questions/399/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E5%90%8D%E3%81%8C%E3%82%A2%E3%83%8E%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%9F%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9cdna%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AF%E3%81%A9%E3%81%93%E3%81%A7%E6%89%8B%E3%81%AB%E5%85%A5%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B<p>CLC WorkbentchというソフトでSAGE解析を始めています。シークエンス生データからSAGEタグ配列を取り出し、配列ごとカウントさせた後、公共のリファレンスcDNA配列データを加工して"virtual tag"を作成し、カウントされた生データとvirtual tagを照合させることができます。ただ、私が見つけることができたリファレンスcDNA配列データは、シークエンスデータのほかにはアクセッション番号しか書かれておらず、virtual tagと一致したタグカウントデータはアクセッション番号しか参照することができません。</p> <p>fasta形式で、シークエンスとともに遺伝子名が入った（アクセッション番号も？）データを入手する方法、あるいはデータを作成する方法はないでしょうか？マウスの遺伝子を解析しています。</p>jaFri, 04 Mar 2011 13:36:37 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/399/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E5%90%8D%E3%81%8C%E3%82%A2%E3%83%8E%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%9F%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9cdna%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AF%E3%81%A9%E3%81%93%E3%81%A7%E6%89%8B%E3%81%AB%E5%85%A5%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/400<p>すいません、調べ方が浅かったです。<br> BioMartでできました。トップページ＞Ensembleとすすみ<br> DatasetをMus musculus genes (NCBIM37)<br> AttributesをSequence<br> さらに今回の目的では<br> +SEQUENCEを開いてcDNA sequence<br> そして目的の部分は<br> +Header Informationで<br> Description<br> Associated Gene Name<br> として、Resultタブから<br> Export all results toを<br> compressed file (.gz) FASTA Unique results only<br> でGoを押しました。現在ダウンロード中です。</p> <p>お騒がせしました。</p>fumumumuFri, 04 Mar 2011 13:36:37 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/399/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E5%90%8D%E3%81%8C%E3%82%A2%E3%83%8E%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%88%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%9F%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9cdna%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%AF%E3%81%A9%E3%81%93%E3%81%A7%E6%89%8B%E3%81%AB%E5%85%A5%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/400