http://qa.lifesciencedb.jp/questions/414/%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8E%A2%E3%81%97%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89<p>マウスの全遺伝子について、転写因子のみを探し出し、 ダウンロードする方法を教えてください。</p> <p>以前、PantherやEmsemblのbiomartを使って試してみましたが、 思ったような結果が得られませんでした。 転写因子名、モチーフ名など簡単な情報がわかれば大丈夫です。</p> <p>よろしくお願い致します。</p>jaFri, 15 Apr 2011 15:42:28 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/414/%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8E%A2%E3%81%97%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89#416<p>教えてくださった通りにやりましたらできました。 以前から困っていたのでとても助かりました。 どうもありがとうございます。</p>porcineFri, 15 Apr 2011 15:42:28 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/414/%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8E%A2%E3%81%97%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89#416http://qa.lifesciencedb.jp/questions/414/%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8E%A2%E3%81%97%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89/415<p><a href="http://www.geneontology.org/">Gene Ontology Database</a> を使うのはどうでしょう？ トップページで"GO term or ID"を選択して、"transcription factor"とキーワードを入力してください。 エンターを押すと転写因子に関連するGO termが表示され、その内のひとつ（"transcription factor binding"で いいと思います)を選びます。左上の方に"** gene products"とあるのでそこをクリックするとこのGO termを 持つ遺伝子リストが表示されます。マウスデータのみを取り出す場合はspeciesでマウスを選択し、filterを かけることで得られます。ただこの方法ではモチーフ名まではわかりません。</p>TanakkyFri, 15 Apr 2011 14:37:15 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/414/%E3%83%9E%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%81%AE%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8E%A2%E3%81%97%E6%96%B9%E3%81%A8%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89/415