http://qa.lifesciencedb.jp/questions/450/ortholog%E3%81%AE%E6%8E%A8%E5%AE%9A%E3%81%AB%E5%BD%B9%E7%AB%8B%E3%81%A4%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%81%AF<p>バクテリアの株間のオーソログを推定したいと思っています。 NCBIにゲノム配列が公開されている20株に、手持ちの40株を加えて、60株間でのオーソログを探す予定です。手持ち40株は全ゲノム配列はわかっていませんが、部分配列から90%程度の数をカバーする遺伝子を推定してあります。そこでオーソログの推定方法なのですが、</p> <ol> <li>基準株を１つ決めて、それに対するBest Reciprocal Hitを、各株のオーソログとみなす</li> <li>60株x59株総当たりでBest Reciprocal Hitを調べて、全ペア間でBest Hitのものをオーソログとみなす</li> <li>フリーソフトを使って推定する</li> </ol> <p>などの方法を考えています。フリーソフトとしては、<a href="http://mbgd.genome.ad.jp/domclust/">DomClust</a>や<a href="http://orthomcl.org/cgi-bin/OrthoMclWeb.cgi?rm=indx">OrthoMCL</a>を調べています。（OrthoMCLは真核生物用なのでしょうか？調べた論文ではバクテリアの遺伝子に対して使っていましたが）</p> <p>オーソログの推定に関して、お勧めの方法やソフトがありましたら、ご紹介ください。</p>jaMon, 22 May 2023 18:27:21 -0000