http://qa.lifesciencedb.jp/questions/458/samtools%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9<p>先日からsamtoolsを使い始めて、わからない点が２つあったので教えて下さい。</p> <p>1、リファレンスゲノム用のindexが作成できない samtools faidx ref.fastaとやると [fai_build_core] different line length in sequence '(null)'. Segmentation fault となってしまい作成できない。</p> <p>2、samtools viewのオプションの使い方がわからない。 mappingされたものとmappingされてないものを Samtools view -f p -F P で抽出できるようですが、pやPの意味がわからない。また他にもよく使うオプションがあったら教えて下さい。</p> <p>ずっとwetな研究をしてきたので、わかりやすく教えて頂けると幸いです。</p>jaTue, 31 May 2011 20:58:50 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/458/samtools%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9/460<p>予想するに、"ref.fasta"に"&gt;"で始まる配列名が無いのではないかと思います。</p> <p>簡単なfastaファイルと、fastaでないファイルを入力として試しましたが、以下のメッセージが出ました。 これの3と同じ(言語は違うようですが)メッセージが出ているので、配列名が無いのではないのでしょうか。</p> <p>あまり分かりやすく無いかもしれませんが、こちらも参考に下さい。<a href="https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=FASTA">NGS Surfer's WikiのFASTAの説明ページ</a></p> <h1>例1正しいfastaファイル。</h1> <pre><code>$ cat tmp1.fasta &gt;chr1 aaaa aaaa aaa $ /toolpath/samtools-0.1.12a/samtools faidx tmp1.fasta $ ls tmp1.fasta* tmp1.fasta tmp1.fasta.fai </code></pre> <h1>例2 fastaとしては正しいが、samtoolsのfaidxが許容しない書式。</h1> <pre><code>$ cat tmp2.fasta &gt;chr1 aaaa aaaaa aaa $ /toolpath/samtools-0.1.12a/samtools faidx tmp2.fasta [fai_build_core] different line length in sequence 'chr1'. セグメンテーション違反です </code></pre> <h1>例3 fastaではないファイル。</h1> <pre><code>$ cat tmp3.fasta aaaa aaaa aaa $ /toolpath/samtools-0.1.12a/samtools faidx tmp3.fasta [fai_build_core] different line length in sequence '(null)'. セグメンテーション違反です </code></pre>nob_fjTue, 31 May 2011 20:58:50 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/458/samtools%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9/460