http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF<p>今ある菌のde novo assemblを行っています。</p> <p>先日454で読んだ配列をABySSでアセンブルして、コンタミのDNAを除きました。</p> <p>その後コンソーシアムのある454で読んだESTやSangerで読んだDNA配列と一緒にアセンブルしたいのですがどうしたらよいですか？長さは40bpのもあれば、長くて100kのもあります。平均700bpぐらいだと思います。</p> <p>試しにSOAP denovoを使ったところ</p> <p>Floating point exceptionとかsegmentation faultのエラーで止まってしまいます。</p> <p>ABySS使っても</p> <p>Colour-space assembly</p> <p>Assertion failed: (isdigit(seq[0])), function loadSequences, file AssemblyAlgorithms.cpp, line 79.</p> <p>Abort trap で止まってしまいます。</p> <p>違う原因で止まってしまっているのかも知れませんが、そこも踏まえてご助言いただけると助かります。</p>jaSat, 18 Jun 2011 17:15:12 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF#489<p>委託で読んでもらったので、newblerは近くにありません。現在CABOGでアセンブルしようと考えています。インストールできないという質問もしているので、よろしくお願いします。</p>panSat, 18 Jun 2011 17:15:12 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF#489http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF/487<p>454の配列があると言う事は、お近くに454純正アセンブラのnewbler<a href="http://www.454.com/products-solutions/analysis-tools/gs-de-novo-assembler.asp">(gsAssembler)</a>が動く環境があるかと思います。 newblerは一般的なfasta形式の配列を扱えますので、sffと混ぜてアセンブルされるのが ソフトウェア導入でご苦労されるより手っ取り早いのではないでしょうか。</p>mya_Fri, 17 Jun 2011 23:44:43 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF/487http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF#480<p>確証はありませんが、SOAP denovoの"segmentation fault"はコンパイルが失敗していたり、バイナリが環境に合っていない可能性もあるような気がするので、実行環境と、バージョンも書いた方が良いかもしれません。 ABySSの方は入力ファイル依存の問題のような気がするので、ここに入力ファイルの一部でもさらすのが無理なら、ご自分でエラー原因を特定するしかないような気がします。</p>nob_fjTue, 14 Jun 2011 13:18:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/477/%E9%95%B7%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E7%9F%AD%E3%81%84%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%92%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF#480