http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB<p>ド素人の質問申し訳ありません。</p> <p>manualを読みながらtrans-ABySSをインストールしようとしているのですが、 setupするまでがよくわかりません。</p> <p>pythonは最新ver.をインストールして、Perlはmacなのかv5.10.0がもともと入ってPATHも加えてありました。</p> <p>そこでmanual通り</p> <p>export TRANSABYSS_PATH=/home/user/Desktop/trans-ABySS </p> <p>export PYTHONPATH=.:$PYTHONPATH:$TRANSABYSS_PATH </p> <p>export PERL5LIB=.:$PERL5LIB:$TRANSABYSS_PATH/wrappers</p> <p>をやった後にsetupしたのですがPermission deniedとなってしまいます。</p> <p>どなたかご助言いただけると、幸いです。</p> <p>よろしくお願いします。</p>jaWed, 15 Jun 2011 19:21:25 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB#482<p>version1.2のパッケージの中身を見てみていますが、 trans-ABySS-v1.2.0.tar/trans-ABySS/README に書いてある EXTERNAL SOFTWARE DEPENDENCIES に記載のある以下のツール群はインストール済みですか？結構前提を満たす自体がハードなツールという印象ですが。</p> <ul> <li>Blat</li> <li>Pysam</li> <li>BioPython</li> <li>Samtools</li> <li>Bowtie</li> <li>Perl moduleのConfig::General、IO::Compress</li> <li>BWA</li> </ul>nob_fjWed, 15 Jun 2011 19:21:25 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB#482http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB#481<p>お返事ありがとうございます。 permission deniedは解決したのですが、今度はノーリアクションで実行できません。 おそらくPATHの設定が悪いのではないかと思います。pythonもPerlインストールしたら PATHの設定されているので必要ない？のでmunualの意味がよくわかりません。 どのファイルをPATH設定したらようのでしょうか？？</p>panWed, 15 Jun 2011 16:29:02 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB#481http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/479<p>macユーザでないので確証はありませんが、 permission deniedは権限の無いユーザーでコマンドを実行した際に出るUNIX/LINUX系の メッセージと同じだと思うので、権限のあるユーザ(rootとか)で再実行するか、 sudo export.. としてはどうでしょう。"mac permission denied"でgoogle検索などすれば、 関係ありそうな文章はたくさん出てくる気がします。</p>nob_fjTue, 14 Jun 2011 13:09:27 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/478/trans-abyss%E3%81%AE%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB/479