Answers to: Celera WGA Assembler(CABOG)のインストールと使い方

Answer by mya_

mya_ — Sun, 26 Jun 2011 14:21:19 +0900

runCAパイプラインに必要なプログラムは原則として(このケースの場合) /Users/pan/Desktop/wgs-6.1/Darwin-amd64/bin/に入ります。この中に存在するmerylプログラムで、
meryl -V　と入力すると meryl the Mighty Mer Counter version (no version)
という応答が返ってくればk-mer対応版です。

別の反応であるか、そもそもそういうプログラムが見当たらないのであれば、コンパイルが失敗しています。　make cleanしてコンパイルをやりなおすか、違うディレクトリにソース展開して最初から構築しなおすのが早いかと思います。 PATHの設定はしなくてもrunCAは動くはずですが、PATH設定しておけばなにかと便利でしょう。

Answer by pan

pan — Tue, 21 Jun 2011 19:31:48 +0900

sffToCAでsample.frgと.log、.statsを作成しました。以下の様に実行しました。

sffToCA \

-libraryname sample \

-insertsize 3200 900 \

-linker flx \

-trim chop \

-output FJRUAFO.frg \

sample.sff.bz \

次にRunning WGS Assemblerしたいのですが、自分ではきちんとインストールしたつもりでしたが

'overmerry' programがみつからないとエラーがでました。どこがおかしいのでしょうか？？

また何か間違いなどありましたら指摘してください。見よう見まねでやってます。

Answer by mya_

mya_ — Sun, 19 Jun 2011 19:42:16 +0900

CABOG (Celera Assembler with the Best Overlap Graph)というのは独立したプログラムではなく、WGS assemblerに組み込まれている、４５４などのデータを混ぜてアセンブルするパイプラインの名称です。darwin版でうまくいっているのでしたら、wgsそのものをソースからコンパイルしなおす必要はありません。

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/24/2818.full

４５４を混ぜたexampleは、前述のwgs-assemblerのホームページ内左下のsearchから探せますのでやってみて下さい。