Answers to: Celera WGA Assembler(CABOG)のインストールと使い方

Comment by mya_ on mya_'s 回答

mya_ — Mon, 18 Jul 2011 16:00:05 +0900

実行できて何らかの結果が出ているのであれば、とりあえず良いと思います。メモリとスレッド周りは、実行しているマシンのスペックに合わせて増減可能、 sgeが含まれている関連はクラスタマシンを使わないのであれば設定不要です。 RunCA Examples - 454 + Sanger Hybrid Microbeと454 + Sanger Metagenomicのサンプルから、４５４関連の設定を引き出し、一度に変えるのではなく少しずつ設定変更して結果が返ってくるかトライアンドエラー、が結局成果出す道だと思います。

Comment by pan on mya_'s 回答

pan — Tue, 12 Jul 2011 18:35:50 +0900

遅くなりましたが、今日実行する事ができました。ありがとうございます。meryl -V　と入力すると version: CA $Id: AS_MER_meryl.cc,v 1.14 2009/06/10 18:05:13 brianwalenz Exp $ような表示ですが平気ですか。最後に一つだけお聞かせください。454だけでアセンブルする際皆さんはどのようなオプションを設定されてますか？454 only のRunCA Examplesが白紙になっていて参考にするものがないのでよろしくお願いします。

Answer by mya_

mya_ — Sun, 26 Jun 2011 14:21:19 +0900

runCAパイプラインに必要なプログラムは原則として(このケースの場合) /Users/pan/Desktop/wgs-6.1/Darwin-amd64/bin/に入ります。この中に存在するmerylプログラムで、
meryl -V　と入力すると meryl the Mighty Mer Counter version (no version)
という応答が返ってくればk-mer対応版です。

別の反応であるか、そもそもそういうプログラムが見当たらないのであれば、コンパイルが失敗しています。　make cleanしてコンパイルをやりなおすか、違うディレクトリにソース展開して最初から構築しなおすのが早いかと思います。 PATHの設定はしなくてもrunCAは動くはずですが、PATH設定しておけばなにかと便利でしょう。

Comment by pan on pan's 回答

pan — Wed, 22 Jun 2011 19:37:19 +0900

強引にmerCompression=0をオプションに加えましたが

WARNING! auto picking a mer threshold not supported without installing kmer

      (http://sourceforge.net/projects/kmer/).

Using historical defaults.の後に

ERROR: Failed with signal HUP (1)

runCA failed.

Stack trace:

at /Users/pan/Desktop/wgs-6.1/Darwin-amd64/bin/runCA line 1118 main::caFailure('overlap store building failed', '/Users/pan/Desktop/celera/0-o......

Last few lines of the relevant log file (/Users/pan/Desktop/celera/0-overlaptrim-overlap/handa.merStore.err):

No input files?

Failure message:

overlap store building failed

のようなエラーです。

Comment by pan on pan's 回答

pan — Wed, 22 Jun 2011 14:10:25 +0900

いつも返信ありがとうございます。'overmerry' program見つかって、実行したところ早速、以下のエラーがおきました。

ERROR! merCompression not supported without installing kmer

    (http://sourceforge.net/projects/kmer/).

If you have installed kmer, then your build is broken, as I

did not find the correct 'meryl' (meryl -V should have said Mighty).

Died at /Users/pan/Desktop/wgs-6.1/Darwin-amd64/bin/runCA line 2617.

もちろんkmerはインストール済みです。いくつかのkmer（もともと入っていたやつ、ダウンロードしてきたやつ）のフォルダで試しましたが、すべて駄目でした。所内でアセンブルやっている方を聞いた事ありませんが、探してみます。

Comment by mya_ on pan's 回答

mya_ — Wed, 22 Jun 2011 12:32:25 +0900

CA6.1(version6)において、runCA-OBT.pl=runCAのaliasで、OS-X版の場合wgs-6.1/Darwin-i386/bin/の下にあります。overmerryもwgs-6.1/Darwin-i386/bin/の下です。おそらくファイルが正しく展開されていません。

OS-Xにおけるgmakeについては、「gmake make OS-X」　でgoogleしてください。

このアセンブラはパイプライン内でエラーが発生した場合、自力でデータを操作して復旧処理を行う必要があります。wgsの内部データは当然扱っている配列の情報を含みますので、もし情報解析担当者もしくは共同研究者の方がいらっしゃるのでしたら一度ご相談される事をお勧めします。

Answer by pan

pan — Tue, 21 Jun 2011 19:31:48 +0900

sffToCAでsample.frgと.log、.statsを作成しました。以下の様に実行しました。

sffToCA \

-libraryname sample \

-insertsize 3200 900 \

-linker flx \

-trim chop \

-output FJRUAFO.frg \

sample.sff.bz \

次にRunning WGS Assemblerしたいのですが、自分ではきちんとインストールしたつもりでしたが

'overmerry' programがみつからないとエラーがでました。どこがおかしいのでしょうか？？

また何か間違いなどありましたら指摘してください。見よう見まねでやってます。

Answer by mya_

mya_ — Sun, 19 Jun 2011 19:42:16 +0900

CABOG (Celera Assembler with the Best Overlap Graph)というのは独立したプログラムではなく、WGS assemblerに組み込まれている、４５４などのデータを混ぜてアセンブルするパイプラインの名称です。darwin版でうまくいっているのでしたら、wgsそのものをソースからコンパイルしなおす必要はありません。

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/24/2818.full

４５４を混ぜたexampleは、前述のwgs-assemblerのホームページ内左下のsearchから探せますのでやってみて下さい。

Comment by pan on pan's 質問

pan — Sun, 19 Jun 2011 18:17:58 +0900

お返事ありがとうございました。うまくいきました。本当にありがとうございます。

まだCABOGインストールできてません。 % bzip2 -dc wgs-6.1.tar.bz2 | tar -xf -

% cd wgs-6.1

% cd kmer

% sh configure.sh

とやると今までと違うエラーが出てしまいます

configure.sh: line 507: gmake: command not found

Configured.

ご存知でしたら、アドバイスお願いします。

GNU Make 3.81が入っています。

Comment by mya_ on pan's 質問

mya_ — Sun, 19 Jun 2011 14:40:10 +0900

コンパイル済バーションが用意されていて、Darwin≒MacOS-X　なので、まずdarwin版で動くか試されてみてはどうでしょうか。

http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

あとこのソフトはメモリ、ディスク領域、計算時間を食いますので稼働テスト用の小さめのデータセットを作っておくと良いかと思います。