http://qa.lifesciencedb.jp/questions/512/r%E3%81%A7fasta%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80%E9%9A%9B%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%99%E3%81%99%E3%82%81%E3%81%AE%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B<p>Rでfastaファイルを読み込む方法としてGeneRパッケージのreadFasta関数がありますが、 BiostringsパッケージのreadFASTA関数、seqinrパッケージのread.fasta関数などもあり、 どれを使えばよいのかわかりません。他にも読み込む方法があるかと思いますが、 Rでfastaファイルを読み込む際におすすめのパッケージ・関数はありますでしょうか？</p> <p>追記 <a href="http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#read_fasta">http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#read_fasta</a> Biostringsパッケージにはread.DNAStringSet関数というものもあり、メモリ消費量が少ないとの記述がありました。 やや脱線してしまいますが、メモリ消費量は読み込みの前後でgc()を実行すればよさそうです。</p>jaSun, 04 May 2014 21:37:02 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/512/r%E3%81%A7fasta%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80%E9%9A%9B%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%99%E3%81%99%E3%82%81%E3%81%AE%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/761<p>相当昔の質問ですが、一応私の見解を述べさせていただきます。 まず、http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#read_fasta項目はもはやないです、すいませんm(_ _)m。そしてread.DNAStringSet関数ももはや存在しません（これは私のせいではなくBiostringsパッケージ開発者のポリシーか？！）。今はreadDNAStringSet関数です。基本的にはhttp://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#intro_ngs_read_fasta_multifasta1などで書いてあるように、readDNAStringSet関数を利用するのが一番手っ取り早いでしょうね。ただし、この関数はdescription行が異常に長い場合にエラーが出たような記憶があります。このような場合にseqinrパッケージのread.fasta関数を利用しています。</p>かどたSun, 04 May 2014 21:37:02 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/512/r%E3%81%A7fasta%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80%E9%9A%9B%E3%81%AB%E3%81%8A%E3%81%99%E3%81%99%E3%82%81%E3%81%AE%E3%83%91%E3%83%83%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%AF%E3%81%82%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%81%8B/761