http://qa.lifesciencedb.jp/questions/527/%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%BC%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA<p>マウス遺伝子をハウスキーピング遺伝子と注目している組織の特異的遺伝子とに分けてある解析を行うために、全遺伝子の中からハウスキーピング遺伝子だけを抽出したいのですが、ハウスキーピング遺伝子だと定義した遺伝子リストのようなものは存在しますか？ ご存知の方がいらっしゃれば御教示願います。</p>jaMon, 16 Jan 2012 21:27:46 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/527/%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%BC%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/561<p>発現量が高くても組織ごとに大きく発現変動する遺伝子は多いので，ハウスキーピング遺伝子の定義に依存してしまいます．</p> <p>マウス正常組織の網羅的発現データ（<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1986">GSE1986</a>など）から，</p> <ul> <li>発現量が高く</li> <li>発現変動の小さい</li> </ul> <p>遺伝子を選択するのはどうでしょうか． 閾値を適切に設定することで，組織特異的遺伝子の数とほぼ同数の「ハウスキーピング遺伝子」を選択できるのため，その後の解析は行いやすいと思います．</p>dancing_infobioMon, 16 Jan 2012 21:27:46 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/527/%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%BC%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/561http://qa.lifesciencedb.jp/questions/527/%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%BC%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/528<p>こちらの論文（ <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11773596">link text</a> ）では、ヒトの約7000遺伝子について調べ、19の組織すべてにおいて発現している遺伝子を house-keeping gene として451遺伝子をリストアップしているようです。 別の論文（ <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2976432/">link text</a> ）では、このリストからマウスのホモログを探して、house-keeping geneとしていました。</p> <p>（たまたま見つけただけなので、もっと網羅的なリストがどこかにあるかもしれませんが、取り急ぎ）</p>yuifuSun, 11 Sep 2011 22:10:08 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/527/%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%BC%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/528