Answers to: miRNAのターゲット遺伝子の検索

Comment by nob_fj on meso's 回答

nob_fj — Mon, 30 Jan 2012 10:42:33 +0900

情報、大変参考になりました。また、お礼が遅くなり大変失礼致します。

Answer by meso

meso — Mon, 31 Oct 2011 01:23:17 +0900

miRNAの標的予測では TargetScan, PicTar, miRanda などが有名です。他にも RNA22, PITA, ... など幾つかpublishされています。ただしプログラムによるmiRNAの標的予測はfalse positiveがひじょうに多いのが現状です。複数のプログラムで予測した結果どうしを比較するとあまり重ならなかったりするようです。

また、簡易的で非常に大雑把な絞り込みでしたら、miRNAのseedと完全に相補的な配列を3' UTRにもつ遺伝子を検索すればよいと思います。このような記事もあります：http://bit.ly/l7evyN (統合遺伝子検索GGRNAの応用：miRNAとseedマッチする遺伝子の探索)

標的予測プログラムが当たらない理由のひとつは、標的RNAの2次構造やRNA結合タンパクの存在がプログラムでは考慮されていないからかもしれません。最終的には、実験的にmiRNAを導入(または強制発現)したり、Tough Decoy等で阻害したときに変動する遺伝子を取ってしまったほうが早いかもしれません。

Comment by gatapishi on meso's 回答

gatapishi — Mon, 31 Oct 2011 01:00:37 +0900

早速のお返事ありがとうございます。さっそく論文二つチェックさせていただきます。

Answer by nob_fj

nob_fj — Sun, 30 Oct 2011 23:52:16 +0900

私もちょうど調査中ですが、たまたま今見ていた論文にあったリファレンスですので、自分で試したわけではないですが...。

Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W451-4. "RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible." Kruger J

Genome Biol. 2010;11(8):R90. Epub 2010 Aug 27. "Comprehensive modeling of microRNA targets predicts functional non-conserved and non-canonical sites." Betel D

他にもあると思いますが取り急ぎ。もし他に詳しい方がおられたら私も使用感や比較の感触など知りたいです。