Answers to: Tophatのbutterflyオプションについて

Comment by Tanakky on nob_fj's 回答

Tanakky — Tue, 29 Nov 2011 02:50:12 +0900

ありがとうございます。--segment-length 15の時、大きな違いが出ているようですね。セグメント長さ10は短すぎてジャンクション同定ができないのでしょう。 17で差がでないのはアルゴリズムの詳細がわからないとなんともいえなさそうです。精度の問題はありそうですが、この結果は短配列長RNA-seqでジャンクション同定をしたいときの指標になりそうで、たいへん助かります。貴重なデータありがとうございます。

Comment by nob_fj on nob_fj's 回答

nob_fj — Mon, 28 Nov 2011 17:35:27 +0900

6～8追加しました。

Comment by Tanakky on nob_fj's 回答

Tanakky — Thu, 24 Nov 2011 03:29:10 +0900

解析ありがとうございます。もしお手数でなければ --segment-length 17 --butterfly-search --segment-length 17 --butterfly-search で結果はでますでしょうか？

Answer by nob_fj

nob_fj — Tue, 22 Nov 2011 22:52:46 +0900

NGS Sufer's Wiki(tophat butterflyオプションの比較) にオプションを変えた結果をアップしてみました。

butterflyオプションになじみが無いため、オプションの渡し方がおかしいか、入力データ依存とは思いますが、試したデータではbutterflyオプションとno-buttterflyに違いはありませんでした。

試した選択肢は以下

--butterfly-search
--no-butterfly-search
--segment-length 17
--segment-length 10
--segment-length 15
--segment-length 17 --butterfly-search
--segment-length 10 --butterfly-search
--segment-length 15 --butterfly-search

junctionの数は以下

詳しくはページをご覧ください。使用データはSRR031811。

Comment by Tanakky on Tanakky's 質問

Tanakky — Sun, 20 Nov 2011 06:01:53 +0900

nob_fjさん。大変助かります。--butterfly-searchを入れたコマンドは途中まで走らせただけですが、その時特にエラー等は出なかったのでこのコマンドで大丈夫だと思います。大まかにはマッピング効率の変化、同定ジャンクション数の変化がわかればうれしいです。もしbamとjunction.bedの結果がいただけるのであれば、なおうれしいです。

Comment by nob_fj on Tanakky's 質問

nob_fj — Sat, 19 Nov 2011 15:20:00 +0900

Tanakkyさんにはお世話になっておりますので、以下試しましょうか。

tophat -o outdir1 bowtieIndex/hg19.fa query/SRX014531/SRR031811.fastq --butterfly-search
tophat -o outdir2 bowtieIndex/hg19.fa query/SRX014531/SRR031811.fastq --no-butterfly-search
tophat -o outdir3 bowtieIndex/hg19.fa query/SRX014531/SRR031811.fastq --segment-length 17

SRR031811はおよそ1000万リード35baseのsingle-endのRNA-Seqです。(もっといいデータがあればお知らせ下さい。DRA/SRA/ERAであれば対応します。) 結果のbamをどこかに配置すれば良いですか？