http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>はじめまして。 現在、次世代シークエンサーを持ちいてリシークエンスを行っているのですが、近縁種のゲノムが解読されているため、de novoアセンブルを行うことなく、マッピングしたのちに何らかの方法で目的のゲノム配列を得られるのではないかと考えています。 調べたところ、samtoolsのコマンドで、</p> <pre><code>samtools mpileup -uf ecoli.fa srr191810.fq.sort.bam | bcftools view -cg - | vcfutils.pl vcf2fq &gt; cns.fq </code></pre> <p>のようにすると新しいゲノム配列が得られるのですが、vcfutils.plではIN/DELが全く考慮されていないようです。 何か他にツールをご存知の方がいらっしゃいましたら、教えて頂けませんでしょうか。 宜しくお願い致します。</p>jaTue, 27 Dec 2011 17:58:27 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/555<p>なるほど、そちらの用途は良いツールがなさそうですね。BioStarでも自前で書く必要がありそうな回答がありました。 <a href="http://biostar.stackexchange.com/questions/7605/alternative-to-samtools-pl-pileup2fq-for-consensus-generation">http://biostar.stackexchange.com/questions/7605/alternative-to-samtools-pl-pileup2fq-for-consensus-generation</a></p>gaouTue, 27 Dec 2011 17:58:27 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/555http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#554<p>gaouさま、お返事ありがとうございます。 書き方が悪かったのですが、samtoolsに同梱されている、vcfutils.pl (mpileup用)や、pileup2fq (pileup用)だとIN/DELのフィルタリングが目的のようでして、出力されるFASTQファイルはリファレンス配列と比べて、IN/DELが全く存在しません。 他に何かツールがありそうだと思うのですが。。。</p>kyoshitaTue, 27 Dec 2011 17:54:22 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#554http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/553<p>たしかsamtoolsに同梱されているsamtools.plのpileup2fqだとin/delのマスクをしてくれたと思います。</p>gaouMon, 26 Dec 2011 13:25:56 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/552/%E3%83%AA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%AE%E9%85%8D%E5%88%97%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/553