http://qa.lifesciencedb.jp/questions/560/%E3%81%82%E3%82%8Bgeo-series%E3%81%8Csuperseries%E3%81%8B%E5%90%A6%E3%81%8B%E3%82%92geoquery%E3%81%A7%E5%88%A4%E5%88%A5%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95<p>あるGEO SeriesがSuperSeries（いくつかのSeriesがまとまったSeries）である場合には，SOFTファイルのSeries_summaryにSuperSeriesであることが記述されます．</p> <p>R/BioConductorにはGEOデータを扱うGEOqueryライブラリがあり，getGEO(gse_id)とすると，そのIDのSOFTファイルを読み込みます．</p> <pre><code>library(GEOquery) gse &lt;- getGEO("GSE20861") </code></pre> <p>このgseの中にSeries_summaryが入っていると思うのですが，どのように探せば良いのでしょうか？</p> <p>（<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/query/acc.cgi?acc=GSE20861">GSE20861</a>はSuperSeriesの例 ）</p>jaMon, 16 Jan 2012 21:27:58 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/560/%E3%81%82%E3%82%8Bgeo-series%E3%81%8Csuperseries%E3%81%8B%E5%90%A6%E3%81%8B%E3%82%92geoquery%E3%81%A7%E5%88%A4%E5%88%A5%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95/562<p>GSE から それぞれの GSM を取り出して、series_id をみればよいと思います。SuperSeries があれば元の GSE ID だけでなく、SubSeries の GSE ID も返ってきます。</p> <p><a href="https://gist.github.com/1620637">https://gist.github.com/1620637</a></p>dritoshiMon, 16 Jan 2012 21:27:58 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/560/%E3%81%82%E3%82%8Bgeo-series%E3%81%8Csuperseries%E3%81%8B%E5%90%A6%E3%81%8B%E3%82%92geoquery%E3%81%A7%E5%88%A4%E5%88%A5%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95/562