http://qa.lifesciencedb.jp/questions/568/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%96%A2%E9%80%A3%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA<p>いつも参考にさせていただいております。 興味のある遺伝子のプロモータに特徴的な転写因子を抽出したいと考えております。プロモータ部分の配列をまとめたfastaファイルは用意でき、そのなかにどのような共通配列があるかをみるためにMEMEのようなプログラムでMotif検索、それと似た既知の転写因子のMotifをJASPARなどで検索といったことは試してみました。 それとは別の方法として、プロモータ前後の配列を元に、既知もしくはMotifより予測される転写因子結合サイトで、興味のある複数の領域に、ランダムにゲノムの領域から選んだ配列より優位に多くみられるようなものを抽出する方法はありますでしょうか？cisREDのようなサイトで単独遺伝子情報でありましたらある程度調べることはできます。ただ、興味ある領域の集団が多く手作業ではむつかしいです。</p> <p>マウスの解析をさせていただいておりますので、マウスのゲノム全体の結合サイト情報などがファイルとしてダウンロードできればプログラムで上記のようなこともできると思われますが、そのようなファイルもなかなかみつかりません。</p> <p>どなかたかアドバイスをどうかよろしくお願いいたします。</p>jaFri, 06 Jul 2012 12:02:38 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/568/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%96%A2%E9%80%A3%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/608<p>そのものずばりではないかもしれませんがmotifRGというRのパッケージがあります。「興味ある遺伝子セットのfastaファイル」と「バックグラウンドのfastaファイル」を与えてdifferential motifを同定する、というものです。しかし、、、私も現在同じようなことをやっていてこれも使ってみたのですが、、、（まだdescriptionがしっかり書かれていないので正しく使いきれていないだけかもしれませんが...）満足のいく結果ではありませんでしたorz...一方、私も自作でLDSSという方法（Yamamoto et al., BMC Genomics, 2007）をヒントに「興味ある遺伝子群の上流配列」と「バックグラウンドの上流配列」を比べて有意に頻出するk-merをランキングする方法をRで作っています。これらがひょっとしたら使えるのかもしれません。</p>かどたFri, 06 Jul 2012 12:02:38 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/568/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%96%A2%E9%80%A3%E8%BB%A2%E5%86%99%E5%9B%A0%E5%AD%90%E3%81%AE%E6%8A%BD%E5%87%BA/608