http://qa.lifesciencedb.jp/questions/609/%E4%B8%8A%E6%B5%81%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A3%E3%81%A6%E5%90%8C%E3%81%98%E6%84%8F%E5%91%B3<p>Wikiによるとプロモーター配列は「転写開始に関与する遺伝子の上流配列」とのことのようです。一方で、例えば、Arabidopsisだと<a href="ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/blast_datasets/TAIR10_blastsets/upstream_sequences/">ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Sequences/blast_datasets/TAIR10_blastsets/upstream_sequences/</a>から上流配列を取得できます。論文中では、よく「プロモーター配列のデータセット」などという記述をしています。感覚的には「上流配列とプロモーター配列」は同じ意味で使っているはず、ですが、実は「上流配列」というのは「”転写開始に関与する上流配列（これがプロモーター配列）”、と”転写開始に関与しない上流配列”」をひっくるめたものだったりするのでしょうか。。。最近この分野をやりはじめたばかりで用語に関する常識がよくわかっていないので、どなたかよろしくお願いします。</p>jaMon, 09 Jul 2012 10:57:03 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/609/%E4%B8%8A%E6%B5%81%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A3%E3%81%A6%E5%90%8C%E3%81%98%E6%84%8F%E5%91%B3#611<p>ありがとうございます。そうですWikipediaです。いくつか調べた上で、この場合wikipedia（が必ずしも正しい情報とは限らないことは承知の上ですが）間違ったことは書いてないと思います。上流配列の中でも、特に転写開始点に近いところをプロモーター配列、と定義しているような印象を受けますね、いろいろ調べてみると。。。</p>かどたMon, 09 Jul 2012 10:57:03 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/609/%E4%B8%8A%E6%B5%81%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A3%E3%81%A6%E5%90%8C%E3%81%98%E6%84%8F%E5%91%B3#611http://qa.lifesciencedb.jp/questions/609/%E4%B8%8A%E6%B5%81%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A3%E3%81%A6%E5%90%8C%E3%81%98%E6%84%8F%E5%91%B3/610<p>WikiってWikipediaのことでしょうか？Wikipediaにある情報は必ずしも正しい情報とはかぎらないと思います。生物学の教科書で調べられては如何でしょうか？手近にある「ハートウェル遺伝学」にはプロモーター配列そのものはありませんでしたが「プロモーター」ですと「遺伝子の転写開始点に近い領域のDNA配列で、RNAポリメラーゼに転写を開始する地点を示す」とありました。</p>hubFri, 06 Jul 2012 16:10:53 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/609/%E4%B8%8A%E6%B5%81%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A8%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%A3%E3%81%A6%E5%90%8C%E3%81%98%E6%84%8F%E5%91%B3/610