http://qa.lifesciencedb.jp/questions/618/chembl%E3%81%A7sdf%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%96%B9<p>ChEMBLを利用していますが、化合物情報をsdf形式でダウンロードするにはどうすればいいのでしょうか？</p> <p>例) <a href="https://www.ebi.ac.uk/chembldb/doc/inspect/CHEMBL1134744">CHEMBL1134744 Bioorg. Med. Chem. Lett. (2001) 11:2951-2954</a></p>jaThu, 30 Aug 2012 03:42:27 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/618/chembl%E3%81%A7sdf%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%96%B9/620<p>題意に沿わないかもしれませんが、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_14/ から、chembl_14.sdf.gzを取得するとか NCBI pubchemでSOURCEとしてChEMBLで検索しSDFをダウンロードすることが できます。後者のほうは正確ではないかもしれませんが複数のSOURCEのAND/ORが できるので重宝しています。</p>zgmfx20aThu, 30 Aug 2012 03:42:27 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/618/chembl%E3%81%A7sdf%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%96%B9/620http://qa.lifesciencedb.jp/questions/618/chembl%E3%81%A7sdf%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%96%B9/619<p>Compound Summaries セクションの各チャートの右側にメニューがあり、そこから操作するとSDFをダウンロードできます。</p> <p><img alt="操作手順図" src="https://img.skitch.com/20120822-w34qkpgq2e94i47as3xsimj7y.jpg"></p> <ol> <li>クリックしてメニューを出す</li> <li><strong>Display All Records</strong> を選択すると化合物の表のあるページに遷移する</li> <li>右上のメニュー "Please select ..." から <strong>Download (SDF)</strong> を選択する</li> <li>ダウンロードがはじまる</li> </ol>mn3Fri, 24 Aug 2012 08:48:44 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/618/chembl%E3%81%A7sdf%E3%81%AE%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%96%B9/619