http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>de novo assemblyをしようとした場合、ヘテロなサイト（もしくはインデル）を含む場合（どのようなケースはbubbleと呼ばれていると思いますが）、de Bruijn graphを使ったアセンブラー（soapdenovo, allpath-lgなど）ではどのように処理しているのでしょうか？</p> <p>ざっくりとした質問で恐縮ですが何かしら教えていただけると幸いです。</p>jaMon, 22 May 2023 18:29:28 -0000