http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>de novo assemblyをしようとした場合、ヘテロなサイト（もしくはインデル）を含む場合（どのようなケースはbubbleと呼ばれていると思いますが）、de Bruijn graphを使ったアセンブラー（soapdenovo, allpath-lgなど）ではどのように処理しているのでしょうか？</p> <p>ざっくりとした質問で恐縮ですが何かしら教えていただけると幸いです。</p>jaMon, 10 Sep 2012 17:22:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#627<p>ありがとうございます。伊藤先生に直接聞いてみます。また、何かわかったらここにも情報upします。</p>yasugoyasuMon, 10 Sep 2012 17:22:29 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#627http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#626<p>ヘテロなサイトがあって、「coverageに大きな違いがない場合は」bubbleをつぶさずにアウトプットとしては別のfastaファイルとして出力されるだと思います。もっとも、私自身はゲノムアセンブリはやったことすらありませんが...。「伊藤先生に直接聞け！」でお願いしますー～～～。何しろやったことない人ですので。。。orz</p>かどたMon, 10 Sep 2012 17:16:39 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#626http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#625<p>かどたさん</p> <p>コメントありがとうございます。既存のアセンブラだとヘテロなサイトがあった場合、bubbleをつぶさずにアウトプットとしては別のfastaファイルとして出力されるということなのでしょうか？またPlatanusはどのようにヘテロに対して頑強性を備えているのでしょうか？（「伊藤先生に直接聞け！」と突っ込まれそうですが。。。）</p>yasugoyasuMon, 10 Sep 2012 15:03:48 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#625http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#624<p>ただのコメントでしかありませんが、既存のアセンブラではヘテロなサイトがあった場合にはそのまま別のパスとして（bubbleになったり）traversing（という表現でいいのだろうか...）されるだけなのでしょう。それゆえPlatanus（http://platanus.bio.titech.ac.jp/?lang=ja）などのヘテロに対して頑健であることを目指した方法が開発されているんでしょうね。。。</p>かどたMon, 10 Sep 2012 14:12:49 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/623/de-bruijn-graph%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%AE%E3%83%98%E3%83%86%E3%83%AD%E3%81%AA%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E5%8F%96%E3%82%8A%E6%89%B1%E3%81%84%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#624