http://qa.lifesciencedb.jp/questions/666/tapestation-%E3%81%A7%E3%81%AErna%E3%81%AErin%E6%95%B0%E5%80%A4%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>いつも参考にさせてもらっています。</p> <p>今までAgilentのBioAnalyzerを使って、RNA-seqライブラリ調製前のTotal RNAを流していました。 今回初めてTapeStationのR6Kで、Total RNAを流してみました。</p> <p>ヒトの全血からかなりキレイに取ったはずのTotal RNAが、RINの値が低め（6ぐらい） に出ています。以前、BioAanalyzerとTapeStationのRINの計算方法が異なると聞いた ことがありますが、実際にTapeStationを使われている方は、どう判断されているのでしょうか？</p>jaWed, 24 Apr 2013 09:56:50 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/666/tapestation-%E3%81%A7%E3%81%AErna%E3%81%AErin%E6%95%B0%E5%80%A4%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#668<p>いきものやさん、ご回答ありがとうございます。 確かに、GenomeDNAなどの混入の有無は、他の手段ではまだ確認しておりませんでした。 分解産物の混入についても調べてみます。</p>だいこんWed, 24 Apr 2013 09:56:50 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/666/tapestation-%E3%81%A7%E3%81%AErna%E3%81%AErin%E6%95%B0%E5%80%A4%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6#668http://qa.lifesciencedb.jp/questions/666/tapestation-%E3%81%A7%E3%81%AErna%E3%81%AErin%E6%95%B0%E5%80%A4%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/667<p>TapeStationのユーザーではないですが、気になったので調べてみたところ、 リンク先にあるように、TapeStationは18sまでのFast領域でのシグナルを基にRIN値を計算しているようです。 この資料には相関があると書かれているので、理論上ではありますが（かなりキレイにというものがどういう意味かにもよりますが） 18s、28sのピークが安定しているようであれば、"だいこん"さんのサンプルでは GenomicDNAなどのRNA以外の分解産物の混入を疑ってみてはいかがでしょう？ 　 <a href="http://www.chem-agilent.com/pdf/5990-9613EN_RINe.pdf">http://www.chem-agilent.com/pdf/5990-9613EN_RINe.pdf</a> 　</p>いきものやTue, 23 Apr 2013 20:39:31 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/666/tapestation-%E3%81%A7%E3%81%AErna%E3%81%AErin%E6%95%B0%E5%80%A4%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/667