http://qa.lifesciencedb.jp/questions/674/galaxy%E3%81%AEinterval%E5%9E%8B%E3%81%AE%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AA%E3%81%ABdisplay-at-ucsc%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95<p><a href="http://galaxyproject.org/">Galaxy</a>をローカルマシンにインストールしています。<a href="http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Get%20Galaxy">ソースコードを取得して、sh run.sh して起動</a>しただけでは、intervalデータ型のヒストリに、display at Ensembl は表示されましたが、display at UCSC main リンクが表示されませんでした。これを表示するにはどのように設定したらよいのでしょうか？</p>jaSat, 25 May 2013 12:12:12 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/674/galaxy%E3%81%AEinterval%E5%9E%8B%E3%81%AE%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AA%E3%81%ABdisplay-at-ucsc%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95/676<p>自己解決できました。</p> <p>universe_wsgi.ini の ucsc_display_sites の値とtool-data/shared/ucsc/ucsc_build_sites.txt の設定、ヒストリのdatabaseの値がキーポイントでした。</p> <p>display at UCSC は universe_wsgi.ini の ucsc_display_sites を有効化すると表示できる状態になります。 表示されるには、database (dbkey) の値が、ヒストリとucsc_build_sites.txtで一致するブラウザをucsc_display_sitesに指定しているかによります。</p> <p>たとえば、database = hg19 の場合なら、(1) ucsc_build_sites.txt の main の値に hg19 を追加して、ucsc_display_sites = main とするか、(2) ucsc_display_sites = psu bx main とするとヒストリにリンクが現れるようになります。</p>mn3Sat, 25 May 2013 12:12:12 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/674/galaxy%E3%81%AEinterval%E5%9E%8B%E3%81%AE%E3%83%92%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AA%E3%81%ABdisplay-at-ucsc%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95/676