Answers to: RDF化に便利なツールと疾患・薬のRDF化について

Comment by Maoringo on yayamamo's 回答

Maoringo — Tue, 16 Jul 2013 20:17:37 +0900

有用そうなツールがこんなにあるのですね！ご紹介ありがとうございます。活用出来るようにしたいと思います！！

Comment by Maoringo on mn3's 回答

Maoringo — Tue, 16 Jul 2013 18:26:09 +0900

ありがとうございます。コメントが遅くなってしまってすみません。uniprotの疾患データもあるということを初めて知りました。手持ちの疾患のデータにどのIDを振るべきか，実際にふって頂くのが，別のラボの方になると思うので，どの方法が良いか，検討したいと思います。参考にさせていただきます :-)

Answer by yayamamo

yayamamo — Tue, 16 Jul 2013 16:03:34 +0900

1.のRDF化ツールについて、私はこれまで変換用のプログラムを都度都度自分で書いていたので詳しく説明できませんが、RDF化ツールは幾つかあります。特に生命科学分野ならば Health Care and Life Science (HCLS) Linked Data Guide を参考にすると良いと思います。これと同じくSemantic Web for Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG) がまとめているツールリストもあります。

身近なところでは、TogoDB、BioInterchange、Link Dataがありますね。RDBに収められているデータをRDF形式やSPARQLクエリで取得するのには、D2R Serverが比較的広く使われている印象があります。

Comment by mn3 on mn3's 回答

mn3 — Thu, 11 Jul 2013 22:55:38 +0900

疾患名でしたら、uniprot が human diseases のデータhttp://www.uniprot.org/diseases/ を整備しています。uniprot-rdf 側に対応するIDがあるので、RDFとして利用可能です。

Comment by Maoringo on mn3's 回答

Maoringo — Thu, 11 Jul 2013 09:50:06 +0900

ご回答ありがとうございます。こんなに色々と取り組んでいらっしゃる方がいるのですね！参考にさせて頂きます！！

Answer by mn3

mn3 — Wed, 10 Jul 2013 23:47:31 +0900

2の方についてです。

薬のデータのRDF化についてでしたら、Linked Open Drug Data (LODD)、 OpenPHACTS と ChEMBL-RDF が参考になると思います。

OpenPHACTは資料が豊富なので、それらを読むと良いと思います。

ChEMBL-RDFは http://chembl.blogspot.jp/search?q=ChEMBL-RDF あたりを読むとよいと思います。ChEMBL-RDFはちょっとバグがあってそのままだとトリプルストアにインポートできません。https://github.com/dbcls/bh13/wiki/Rdf-ontology-on-drug-discovery-data にリンクしてある https://gist.github.com/nakao/5966847 で修正できます。