http://qa.lifesciencedb.jp/questions/699/entrez-sra%E3%81%A8dra-search%E3%81%AF%E3%81%A9%E3%81%A1%E3%82%89%E3%81%8C%E6%AD%A3%E3%81%97%E3%81%84<p>私の理解では、リードアーカイブのDRA ERA SRAは、メタデータに関しては同じものを持っているのだと思っていたのですが、 偶然以下の一致しないケースに遭遇しました。</p> <p>ケースバイケースなのかと思いますが、今回は状況から考えるとSRAの方が間違っていそうな気がします。</p> <p>DRA/ERA/SRAの全てで間違っているのであれば分かりますが、SRAだけ間違っているように見える点について、 どういう状況でこういうことが起こるのか、詳しい方がおられましたら、コメントくださると幸いです。 (更新頻度？同期のタイミング？そもそも同じでない？)</p> <p>尚、不整合の件に関しては、以前こちらの質疑(<a href="http://qa.lifesciencedb.jp/questions/686/sra%E3%81%B8%E3%81%AE%E9%96%93%E9%81%95%E3%81%84%E3%81%AE%E8%A8%82%E6%AD%A3from%E7%AC%AC%E4%B8%89%E8%80%85">LSQA(SRAへの間違いの訂正from第三者)</a>)で情報いただいた、NCBI help deskに連絡しようと思っています。</p> <hr> <p>2013/11/27 16:00時点の情報だと、以下、Entrez SRAとDRA Search&amp;ENAの検索が一致しなかった件</p> <ul> <li> <p>あるヒストンのChIPのリードアーカイブ登録データ(SRX000160)について調べていて、 <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRX000160">Entrez SRAのページ</a>にはランデータ(SRR001437, SRR001447, SRR001461, SRR001462)がリストされ、 <a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/experiment?acc=SRX000160">DRA Searchのページ</a>だと、<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001437">SRR001437</a>だけがリストされ、 その他の三つ(<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001447">SRR001447</a>, <a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001461">SRR001461</a>, <a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001462">SRR001462</a>)は、<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/experiment?acc=SRX000168">SRX000168</a>の所属になっているようです。 <a href="http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX000160">ENAのページ</a>もDRA Searchと同じ結果</p> </li> <li> <p>同じく、あるヒストンのChIPのデータ(SRX000154)は<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRX000154">Entrez SRAのページ</a>にはランデータ(SRR001422, SRR001423, SRR001424, SRR001425)がリストされ<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/experiment?acc=SRX000154">DRA Searchのページ</a>だと、<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001425">SRR001425</a>だけがリストされ、 その他の三つ(<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001422">SRR001422</a>, <a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001423">SRR001423</a>, <a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=SRR001424">SRR001424</a>)は、<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/experiment?acc=SRX000359">SRX000359</a>と<a href="http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/experiment?acc=SRX000168">SRX000168</a>の所属になっているようです。 <a href="http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SRX000154">ENAのページ</a>もDRA Searchと同じ結果</p> </li> </ul>jaMon, 22 May 2023 18:26:18 -0000