Answers to: SAMファイルのFASTAファイルへの変換について

Comment by izumi on yuifu's 回答

izumi — Tue, 08 Apr 2014 11:15:44 +0900

PGDSpiderを使うことでSAMファイルからFASTAファイルに変換できました．ありがとうございます

Comment by izumi on yuifu's 回答

izumi — Mon, 27 Jan 2014 17:38:29 +0900

回答ありがとうございます．実際に試してみます

Comment by izumi on gaou's 回答

izumi — Mon, 27 Jan 2014 17:22:39 +0900

ありがとうございます． TMAPというソフトウェアを使えばできるかもしれないということですね．スクリプトを書く必要がある場合，不勉強なので理解を深めたいと思います．

Comment by gaou on gaou's 回答

gaou — Mon, 27 Jan 2014 16:47:09 +0900

あ、すみません、一つ一つのリードのFASTAを作りたいということでしたか？コンセンサスかと勘違いしていました。その場合こういうスクリプトのイメージかと思います。 https://github.com/iontorrent/TMAP/blob/master/scripts/util/sam2aln.py

Comment by izumi on gaou's 回答

izumi — Mon, 27 Jan 2014 16:30:57 +0900

回答ありがとうございます．重ねて質問申し訳ありません．コンセンサス配列ができると記述されているのですが，紹介していただいたページのスクリプトを使うと，INDEL込の各クエリ配列が得られるのでしょうか

Comment by yuifu on yuifu's 回答

yuifu — Mon, 27 Jan 2014 16:21:34 +0900

すみません．試しに使ってみたのですが，そんなに分かりやすくない感じでした．

Answer by yuifu

yuifu — Mon, 27 Jan 2014 16:05:20 +0900

集団遺伝学のラボが作った，PGDSpider というGUIツールが便利かもしれません．
最初に，samtoolsとbcftoolsのパスを設定する必要がありますが．

Answer by gaou

gaou — Mon, 27 Jan 2014 15:37:42 +0900

こちらのスクリプトとかいかがでしょう？ http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=samtools#mpileup_