Answer by nob_fj

nob_fj — Fri, 07 Mar 2014 15:51:36 +0900

カバレージをご参照になりたいとの件、私の個人的見解ですが、少なくとも、データを公開状態にしてのUCSC Genome browserは第一選択肢ではなく、多型解析であれば、windows環境でも動作し、データをローカルなディスクに置いておける(公開しない) IGVなどを使うのが妥当のような気がします。IGVは多型解析に特化して開発されている印象がありますし、世界中の研究者が利用しています。

また同じくwindows上でも動作する、国内企業の三菱スペース・ソフトウエア株式会社が開発されているGenomeJackも選択肢の一つかと思います。

Webサーバ系なので、幣所サーバにアップロードする形になりますが、幣所でもGenomeExplorerというゲノムブラウザを一般利用開放しており、BAMファイルをアップロードくだされば参照することはできますし、セキュアなプロトコルで通信を暗号化しており、他のユーザーからはデータ閲覧されないので、公開状態でUCSC Genome Browserで閲覧するよりははるかに安心してご利用いただけます。 SNPモードではSNVだけでなく、挿入、欠損も見ることができます。ただし、個人からの利用申請を受理できるかは、私個人の範疇・権限を超えますのでご了承ください。

注)UCSC Genome Browserも私が過去調べた際は、BASIC認証のセキュアプロトコルでのアクセスも利用可能でした。

UCSC Genome BrowserでBAMを参照するには、BAMファイルがソート済みかつ、インデックスファイル(.bai)が作られおり、bamと同じくアクセスできる場所に配置されている必要があります。 samtoolsもwindowsで動作します。拙文ですが、samtoolsのコマンドでの利用方法を記載しています。 NGS Surfer's Wiki(samtools) 3. bamソートと 4. bam index作成を実行します。ただ、ブラウザによっては、bamのソートやindex付加を必要としないはずなので、まずはそちらを試してはいかがでしょうか。

Windows環境でsamtools使う場合、私ならCygwinをインストールして、windows環境上でUNIX/Linuxライクな動作環境から動作させます。試したことは無いですが、コマンドプロンプトから動作させることもできるかもしれません。どちらも、それなりにいろいろ調べる必要があると思います。

尚、ご質問の文案を見た上で、ksfk様のご質問の「カバレージを見る」が、こちらにmkodaさんが記載されているような特定領域のdepth of coverageの正確な数値を調べたいということでなく、ブラウザで何配列カバーしているか確認したいという意図だと思いましたのでそのように回答いたしました。

Answers to: UCSC Genome Browserからのファイルアクセスに対応したBAM置き場

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