http://qa.lifesciencedb.jp/questions/74/blast-%E3%81%A7%E3%81%AE%E3%82%AA%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89-blast-%E3%81%A7-f-f-%E3%81%AB%E5%BD%93%E3%81%9F%E3%82%8B%E3%82%82%E3%81%AE%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B<p>blastのコマンドで　-F F（低複雑度領域（フィルタ）のマスクをオフにする。）に blast+で当たるものをご存知の方がいらしたら教えてください。 -soft_maskingかと思ったのですが、ちょっと違いそうなのです。 よろしくお願いします。</p>jaThu, 25 Nov 2010 17:06:03 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/74/blast-%E3%81%A7%E3%81%AE%E3%82%AA%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89-blast-%E3%81%A7-f-f-%E3%81%AB%E5%BD%93%E3%81%9F%E3%82%8B%E3%82%82%E3%81%AE%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/75<p>対核酸なら、<code>-dust no</code>、対アミノ酸なら <code>-seg no</code>が相当するかと思います。 blastn(blastp) -helpでチェックしてみてください。(blastallと違い、プログラムが分割されたためhelp内容がそれぞれ異なります)</p> <p>legacy blastでのfilterが何なのかは<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/blastcgihelp.html">BLAST cgiの解説ページ</a>が解りやすいです。</p>mya_Thu, 25 Nov 2010 17:06:03 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/74/blast-%E3%81%A7%E3%81%AE%E3%82%AA%E3%83%97%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%82%B3%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%83%89-blast-%E3%81%A7-f-f-%E3%81%AB%E5%BD%93%E3%81%9F%E3%82%8B%E3%82%82%E3%81%AE%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%99%E3%81%8B/75