Answers to: blast+ でのオプションコマンド　blast で-F F　に当たるものはなんですか？

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maoringo — Thu, 02 Dec 2010 09:27:45 +0900

mya_さん、ありがとうございます。遅くなってしまってすみません。配列、見つけられました。ありがとうございます。

mn3さん　コメントありがとうございます。次回から、そうさせていただきます。ありがとうございます。

Comment by mn3 on mya_'s 回答

mn3 — Sat, 27 Nov 2010 16:36:56 +0900

可能であれば質問を分割して下さい。分割して、質問文がタイトルやURLにあるようにすることが検索エンジンから質問と回答に到達しやすくなることにつながります。よろしくお願いします。

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mya_ — Fri, 26 Nov 2010 10:33:49 +0900

質問項目の分割が要るような気がしますが、β運用ということだそうで、細かい所がよくわかりませんのでこちらに記入します。

"blast+を動作させて何らかの結果を返し正常終了させる"ためのテストファイルの作り方、という意味で聞かれているのでしたら、NCBI enterzやKEGG genome、どこからでも任意の（自分の好きな）塩基・アミノ酸配列を入手し、 makeblastdbコマンドで自前のデータベースを作成、そして入手した配列の一部分を切り出してquery(input)側のファイルとすれば確実に相同領域のあるテストセットになるのではないでしょうか。

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maoringo — Thu, 25 Nov 2010 19:57:27 +0900

また、普段あまりblastを使わないのですが、テストファイルを作るのに、良い方法がありましたら、教えていただけますか。

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maoringo — Thu, 25 Nov 2010 19:52:35 +0900

mya_ さんありがとうございます！　試してみます。

Answer by mya_

mya_ — Thu, 25 Nov 2010 17:06:03 +0900

対核酸なら、-dust no、対アミノ酸なら -seg noが相当するかと思います。 blastn(blastp) -helpでチェックしてみてください。(blastallと違い、プログラムが分割されたためhelp内容がそれぞれ異なります)

legacy blastでのfilterが何なのかはBLAST cgiの解説ページが解りやすいです。

Answers to: blast+ でのオプションコマンド blast で-F F に当たるものはなんですか？

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