Answers to: 初学者的質問：paired end readのクオリティチェックhttp://qa.lifesciencedb.jp/questions/783/%E5%88%9D%E5%AD%A6%E8%80%85%E7%9A%84%E8%B3%AA%E5%95%8F-paired-end-read%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF<p>Bioinformaticsの初学者です。</p> <p>微生物やウィルスのde novo assembleを目標としています。</p> <p>Paired endが昨今主流であることを聞きました。ファイル名も<strong><em>*_1.fastq, </em></strong>*_2.fastqというようにpaired endであることが明確にわかるようにふってあるそうですね。</p> <p>DRA等からpaired endなデータセットをダウンロードしてきて練習したいのですが、ダウンロードしてきて解凍したファイルのどれも、上記のような_1.fastq, _2.fastqというファイル名になっていません。ダウンロードしてきたファイルが不適切なのでしょうか？　適切なファイルがありましたらaccession numberをご紹介ください。</p> <p>また、quality checkでassemble時に捨てるReadはpairとして捨てないといけないということですが、いかがでしょうか？ Linuxでやるか、CLCのような一体型パッケージでやるか未定ですが、推奨などあればお願いいたします。</p>jaThu, 18 Sep 2014 18:27:20 +0900Comment by deer on aki's 回答http://qa.lifesciencedb.jp/questions/783/%E5%88%9D%E5%AD%A6%E8%80%85%E7%9A%84%E8%B3%AA%E5%95%8F-paired-end-read%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF#787<p>akiさん、 すばらしいデータを教えていただきまことにありがとうございました。１日かかりましたがFile 1とFile 2を一つずつダウンロードできました。このENAのサイトでは単なるFastqとSubmitted Fastqの区別があるようですね。違いをご存じでしたら教えてください。</p> <p>またENAのサイトからGalaxyというサイトに飛ばしてそこで解析をさせることもできるようですね。これについては別のスレッドを立ててご意見を聞こうかとも思いますが、もし試されたことおありでしたらご経験をお聞かせください。</p>deerThu, 18 Sep 2014 18:27:20 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/783/%E5%88%9D%E5%AD%A6%E8%80%85%E7%9A%84%E8%B3%AA%E5%95%8F-paired-end-read%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF#787Answer by akihttp://qa.lifesciencedb.jp/questions/783/%E5%88%9D%E5%AD%A6%E8%80%85%E7%9A%84%E8%B3%AA%E5%95%8F-paired-end-read%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF/784<p>以下のデータにFile 1とFile 2があります。 http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERP005860</p> <p>論文は http://dx.doi.org/10.1038/nature13568 です。quality controlでやったことも書いてあります。</p>akiTue, 16 Sep 2014 16:01:35 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/783/%E5%88%9D%E5%AD%A6%E8%80%85%E7%9A%84%E8%B3%AA%E5%95%8F-paired-end-read%E3%81%AE%E3%82%AF%E3%82%AA%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF/784