http://qa.lifesciencedb.jp/questions/802/cuffdiff-%E3%82%92%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8-segmentation-fault-11<p>たびたび畏れ入ります。Cuffdiff を実行すると、Segmentation fault: 11 と表示され往生しております。 BAM file をsort したものでも同じ結果でした。何か解決するためのコメント、試すべき方法をご教授頂けないでしょうか？</p> <p>①以下のコマンドを実行しました。テストのため、2サンプルの比較を試みています。</p> <p>$ cuffdiff -p 4 mm10.gtf -L MPH1,MPH2 -o results MPH1mm10.bam MPH2mm10.bam</p> <p>②その後に表示される内容をそのまま記します。</p> <p>Warning: Could not connect to update server to verify current version. Please check at the Cufflinks website (http://cufflinks.cbcb.umd.edu).</p> <p>[10:25:40] Loading reference annotation. Warning: No conditions are replicated, switching to 'blind' dispersion method</p> <p>[10:25:44] Inspecting maps and determining fragment length distributions.</p> <p>Segmentation fault: 11</p> <p>③ 参考</p> <p>gtf ファイルはUCSC から自ら取得したもので、Cufflinks, Cuffcompare で得られる結果には遺伝子名が表示されました。なお、iGenome のAnnotation フォルダはなぜか空っぽで、gtf ファイルがありませんでした。また、使用している iMac の性能は以下の通りです。</p> <p>3.4GHzクアッドコアIntel Core i5, NVIDIA GeForce GTX 775M 2GB GDDR5, </p> <p>32GB 1600 MHz DDR3 SDRAM - 4x8 GB, 1TB フラッシュストレージ。</p> <p>そもそも何か根本的な理解が足りないのでしょうか？周りの方々はNGSって何？という感じなので、書籍とネットの先生方だけが頼りです。御多忙のところ申し訳有りませんが、どうか宜しくお願い致します。</p> <p>敬具</p>jaTue, 28 Mar 2017 10:56:00 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/802/cuffdiff-%E3%82%92%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8-segmentation-fault-11/860<p>同様の問題で悩んでいましたが、この情報がきっかけで解決しました。 2.1.1だととりあえず動作しますね。 ありがとうございます。</p>mossTue, 28 Mar 2017 10:56:00 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/802/cuffdiff-%E3%82%92%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8-segmentation-fault-11/860http://qa.lifesciencedb.jp/questions/802/cuffdiff-%E3%82%92%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8-segmentation-fault-11/803<p>質問者です。閲覧して頂いた方々ありがとうございました。こちらのサイトに、同様のケースが話題になっておりました。 Cufflinks のversion を2.1.1.、つまり旧バージョンに戻すと良いようです。質問者もこれでCuffdiff を実行することが出来ました。</p> <p>ttps://groups.google.com/forum/#!topic/tuxedo-tools-users/-lCUNFJe_2c</p> <p>昨日の丸一日、この問題に悪戦苦闘し落ち込んでおりましたが、これでなんとかなる？、とホッとしました。 自問自答してしまい申し訳有りませんでした。Cuffdiff の次は、R の勉強です。。。。。頑張ります。</p> <p>ありがとうございました。</p> <p>敬具</p>araFri, 07 Nov 2014 14:19:43 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/802/cuffdiff-%E3%82%92%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E3%81%A8-segmentation-fault-11/803