Answers to: DRAのexperimentとRun

Answer by moss

moss — Fri, 07 Apr 2017 15:09:33 +0900

CLCはフラグメントデータも当然サパートされています。 CLCで取り込む際にpaired-endのチェックを外せばシングルで取り込めますよ。

Answer by deer

deer — Thu, 04 Dec 2014 18:28:12 +0900

ご回答ありがとうございます。

ＩＬＬＵＭＩＮＡでも、シングルがあるのですね。

ではＣＬＣにインポートする際も、ＩＬＬＵＭＩＮＡと指定はできないですね。。。。

Answer by DDBJ

DDBJ — Thu, 04 Dec 2014 18:02:54 +0900

Illuminaであっても、singleで読む場合もあります。
公共DBからSRAデータをダウンロードする際には、そのメタデータも調べてみましょう。

今回の場合、Run "DRR001358" に紐付いている Experiment "DRX000955" に、
登録者がこのNGSデータを得た時の実験条件が記されています。

例えば、NCBI検索サイトの下記リンクに入り、
 "Library" の右側にある (more...) をクリックしてみて下さい。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=DRX000955

下記の内容が示す通り、このSRAは、singleで読んだデータとして登録されています。
----------------------------------------------------------
Library: P1-026C  (less...)
　Strategy: WGS
　Source: METAGENOMIC
　Selection: RANDOM
　Layout: SINGLE　　　　　<--- ここです。
　Construction protocol: none provided
Platform: Illumina  (less...)
　Instrument model: Illumina Genome Analyzer II
----------------------------------------------------------
なお、プレフィックスが"DR"で始まるアクセッション番号は、DDBJ centerでの登録受付を意味します。

Answer by deer

deer — Tue, 11 Nov 2014 16:04:42 +0900

すみません。またわからなくなりました。 http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=DRR001358 から　DRX000955 というexperimentのfastqをとってきて　bz2を解凍しましたが、 fastqファイルがひとつしか入っていません。

Illuminaをつかったと記載されていますが、であればpaired-endかmate-pairのはず（なのでファイルが２つ）なのではないでしょうか？

CLC bioのImportでIlluminaを選んでも、ファイルが２個あるはずだということで　インポートを開始することができません。

ひきつづきご指導のほど、お願いいたします。

Answer by deer

deer — Tue, 11 Nov 2014 15:45:56 +0900

たしかにENAを見るとどんなサンプルか、わかりました。ありがとうございました！

Answer by meguchan

meguchan — Tue, 11 Nov 2014 12:30:37 +0900

それぞれのexperimentにfastqがあるようですね。こういうときはEBIのENAで見ると外観がつかみやすいです。

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/DRA000437

そして必要なものをDRAからダウンロードするのです。