http://qa.lifesciencedb.jp/questions/813/local-blast%E3%81%AE%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9<p>お世話になります。 Local BLASTを導入するために統合TVのLocal BLASTの使い方（<a href="http://togotv.dbcls.jp/20110420.html">http://togotv.dbcls.jp/20110420.html</a>）を参考にさせていただいております。 ご紹介の通りの手順で作業を進めていましたが、データベースを作成できずに困っております。</p> <p>まず、データベースとして、<a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/</a> からnr.gzをダウンロードし、解凍しました。 解凍したファイル（nr）をデータベースにするために、<code>makeblastdb -in nr -dbtype prot -hash_index</code>を実行しました。 すると、以下に記した文が表示されました。</p> <pre><code>Building a new DB, current time: 11/27/2014 11:30:45 New DB name: nr New DB title: nr Sequence type: Protein Keep Linkouts: T Keep MBits: T Maximum file size: 1000000000B </code></pre> <p>しばらくすると、以下の文が何度も繰り返し出現し、最後にvolume: 以下の文が表示され、データベースの作成に失敗しました。</p> <pre><code>Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Ignoring FASTA modifier(s) found because the input was not expected to have any. volume: nr.00 volume: nr.01 file: nr.00.pin file: nr.00.phr file: nr.00.psq file: nr.00.psi file: nr.00.psd file: nr.00.phi file: nr.00.phd file: nr.00.pog file: nr.01.pin file: nr.01.phr file: nr.01.psq file: nr.01.psi file: nr.01.psd file: nr.01.phi file: nr.01.phd file: nr.01.pog file: nr.pal </code></pre> <p>解決策がお分かりになる方がいらっしゃいましたら、ご教授いただければ幸いです。</p>jaMon, 01 Dec 2014 11:17:00 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/813/local-blast%E3%81%AE%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9/814<p>エラーの原因はわかりませんが、</p> <pre><code>ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ </code></pre> <p>にそのまま利用可能なnrがあるので、それをダウンロード、展開して使用されてみてはどうですか。</p> <p>wget・md5sum・tar・gzipがあり、httpプロキシとか通していないなら以下のコマンドでダウンロードと展開ができるはずです。</p> <pre><code>#download wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.??.tar.gz wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.??.tar.gz.md5 #check files for f in nr.??.tar.gz.md5; do md5sum -c $f; done #extract files for f in nr.??.tar.gz; do tar -xzf $f; done #delete files rm nr.??.tar.gz nr.??.tar.gz.md5 </code></pre> <p>では。</p>akiMon, 01 Dec 2014 11:17:00 +0900http://qa.lifesciencedb.jp/questions/813/local-blast%E3%81%AE%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%99%E3%83%BC%E3%82%B9/814