Answers to: Local BLASTのデータベース

Comment by aki on aki's 回答

aki — Wed, 03 Dec 2014 16:00:14 +0900

見逃す確率が上がりますが、

-word_size

の値を大きくしてみて下さい。デフォルトはBLASTPなら3くらいだったと思います。

Comment by sulfuri on aki's 回答

sulfuri — Tue, 02 Dec 2014 12:12:59 +0900

aki様

ご指摘の通りにコマンドを変更した結果、2倍程早くなりました。

前回：blastp -db nr -query test.fasta -out test.out

今回：blastp -db nr -query test.fasta -out test.out -evalue 1e-50 -num_threads 2 -max_target_seqs 5 -outfmt 6

aki様、大変お世話になりました。誠にありがとうございました。もし、この他にも高速化する方法をご存知の方がいらっしゃいましたらよろしくお願いいたします。

Comment by aki on aki's 回答

aki — Mon, 01 Dec 2014 21:21:23 +0900

-evalue
-max_target_seqs
-num_threads

の値を適当に指定して下さい。

Comment by sulfuri on aki's 回答

sulfuri — Mon, 01 Dec 2014 20:05:50 +0900

aki様

ご指摘の通りでした。無事blastできるようになりました。誠にありがとうございます。ところで、結果が出るまでに7分程度は必要のようです。

高速化するための良い案がありましたら、お教えいただければ幸いです。

Comment by aki on aki's 回答

aki — Mon, 01 Dec 2014 18:32:22 +0900

nr.27.tar.gzのダウンロードと展開ができていないのではないですか。

Comment by sulfuri on aki's 回答

sulfuri — Mon, 01 Dec 2014 18:04:00 +0900

aki様ご回答ありがとうございます。ご指摘の通りフォーマット済みのものを利用しようと思います。しかし、別の問題で困っております。複数のnrデータベースに対してblastを実行したいのですが、結果が出ませんでした。複数のnrデータベースに対してblastを実行する方法がお分かりの方がいらっしゃいましたらご教授いただければ幸いです。以下に、問題が生じたまでの過程を説明させていただきます。

Macを使用しており、対応するコマンドが分からなかったので、コマンドを使用せずにnr.00からnr.26を全てダウンロード、解凍しました。展開されたファイルは nr.00.phd nr.00.phi nr.00.phr nr.00.pin nr.00.pnd nr.00.pni nr.00.pog nr.00.ppd nr.00.ppi nr.00.psd nr.00.psi nr.00.psq nr.pal でした。全てのファイルに対してblastを実行したいため、これらのファイルを全て同じフォルダにまとめました。最初は以下のコマンドで実行しましたが、 blastp -db nr -query test.fasta -out test.out 次のエラーがでました。 BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.27) referenced in alias file (/User/blast/db/nr). そこで、検索対象のデータベースを１つにして試したところ、成功しました（次のコマンド）。 blastp -db nr.00 -query test.fasta -out test.out しかし、実際にはnr.26までの全てのファイルに対して検索をしたいので、次のコマンドを試しました。 blastp -db "nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16 nr.17 nr.18 nr.19 nr.20 nr.21 nr.22 nr.23 nr.24 nr.25 nr.26" -query test.fasta -out test.out すると、30分たっても結果は出ませんでした。

Answer by aki

aki — Mon, 01 Dec 2014 11:17:00 +0900

エラーの原因はわかりませんが、

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/

にそのまま利用可能なnrがあるので、それをダウンロード、展開して使用されてみてはどうですか。

wget・md5sum・tar・gzipがあり、httpプロキシとか通していないなら以下のコマンドでダウンロードと展開ができるはずです。

#download
wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.??.tar.gz
wget -c ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.??.tar.gz.md5
#check files
for f in nr.??.tar.gz.md5; do md5sum -c $f; done
#extract files
for f in nr.??.tar.gz; do tar -xzf $f; done
#delete files
rm nr.??.tar.gz nr.??.tar.gz.md5

では。