http://qa.lifesciencedb.jp/questions/824/tophat%E3%81%AEreference%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6<p>今回はTophat2 (bowtie2)に使用するgenome indexについて質問があり利用させていただきました。</p> <p>現在TopHat2およびCufflinksを用いたNGSデータ解析を計画しています。<br> 他のツールの出力と比較する為、annotation及びindexデータは"Ensembl release 72"を使用したいと考えています。</p> <p><br> Q1) そこで質問ですが、旧バージョンのannotation及びgenome indexをiGenome等でDLすることは可能でしょうか？<br></p> <p><br> 不可能であればEnsembl archiveのFTPサイトよりDLし、bowtie2でbuildしようかとも考えています。<br> annotationデータは、FTP内のGTFファイルを、indexデータはDNAのFASTAファイルをbuildして用いようと考えます。</p> <p><br> Q2) そこでさらに質問ですが、indexデータのbuildに当たり、全ゲノムのfaファイルは存在しないのでしょうか。</p> <p><br> 今回の目的は全ゲノムを対象とするのですが、FTPサイトを見た所、各染色体別のfaファイルしか準備されていません。<br> これらを必要数つなぎ合わせてgenome indexを作成しても良いものでしょうか。</p> <p>基本的な質問となり申し訳ありません。どちらか片方でもお答えくだされば幸いです。<br> どうぞよろしくお願い致します。</p>jaMon, 22 May 2023 18:14:54 -0000