Answer by TY

TY — Tue, 24 Feb 2015 16:01:57 +0900

ご教授ありがとうございました。返信が遅くなってしまい失礼いたしました。複数ご提案頂いたのですが、私の知識が足りず、

「NCBI Taxonomyダンプファイルを落とす」ところがわからない
GI list取得まではできた
Perlはまったく知識がなく、「E-Utilities」がわからない

という状況だったのですが、 Microbial Nucleotide BLASTが指定しているデータベースの場所がわかりましたので、それをダウンロードすることで解決することができました。 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ではなく、 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/の中にありました。書き込んで頂いたことを実行する技量が足りず申し訳ありませんが、お時間を割いてご回答頂いたことに感謝いたします。

Answer by aki

aki — Fri, 13 Feb 2015 02:36:08 +0900

Taxonomy IDに基いてBLAST検索対象の絞り込みを行うには、まずTaxonomy IDから対応する配列のGenBank IDを得ないといけないと思います。以下の3通りの方法があると思います。

NCBI Taxonomyダンプファイルを落としてきてローカルにTaxonomyデータベースを構築し、Taxonomy IDの分類群の下位の分類群のTaxonomy IDを全て取得して、それらに対応するGenBank IDを取得する
NCBIのウェブサイトで塩基配列を「"refseq"[Filter] AND txid2[Organism:exp]」で検索して、FormatをGI Listにする
E-Utilities経由でNCBIの塩基配列を検索してGenBank IDを取得するスクリプトを使う

3の場合、私が作成しているスクリプトが使えます。お使いになられる場合は以下のURLから最新版をダウンロードしてインストールしてください(今から使うコマンドに必要なのはPerlとLWPのみです。シェルスクリプトは他にも色々入れてしまうので避けてください)。 http://www.claident.org/

インストール後、以下のようにコマンドを実行すると、バクテリアのGI Listが得られます。

clretrievegi --keywords='"refseq"[Filter] AND txid2[Organism:exp]' outputfile

ここで得られたファイルをblastnの-gilistに与えればいいはずです。

Answers to: NCBIのMicrobial Nucleotide BLASTをLocal環境に構築したいのですが、

Answer by TY

Answer by aki